Database citation in full text biomedical articles.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0063184
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
McEntyre JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kafkas Ş;Kim JH;McEntyre JR
分子生物学和文献数据库是生命科学研究的重要基础设施。这些数据资源的有效整合需要在单个文章和生物记录层面上有结构化的交叉引用。在这里，我们基于对 Europe PMC 提供的全文开放获取文章的分析，描述了研究文章中如何引用数据库条目的当前模式。我们重点关注欧洲核苷酸档案馆 (ENA)、UniProt 和欧洲蛋白质数据库 (PDBe) 中条目的引用，证明文本挖掘使出版商在期刊文章中提供的数据库记录引用的结构化注释数量增加了一倍。通过文本挖掘发现了数千个新的文献-数据库关系，因为这些关系也不存在于数据库记录引用的文章集中。我们建议将文章中数据库记录的结构化注释扩展到其他数据库，例如 ArrayExpress 和 Pfam，其中的条目也在文献中被广泛引用。该文本挖掘管道的高精度和高吞吐量使得这项活动能够准确且低成本地进行，这将允许开发新的集成数据服务。
Molecular biology and literature databases represent essential infrastructure for life science research. Effective integration of these data resources requires that there are structured cross-references at the level of individual articles and biological records. Here, we describe the current patterns of how database entries are cited in research articles, based on analysis of the full text Open Access articles available from Europe PMC. Focusing on citation of entries in the European Nucleotide Archive (ENA), UniProt and Protein Data Bank, Europe (PDBe), we demonstrate that text mining doubles the number of structured annotations of database record citations supplied in journal articles by publishers. Many thousands of new literature-database relationships are found by text mining, since these relationships are also not present in the set of articles cited by database records. We recommend that structured annotation of database records in articles is extended to other databases, such as ArrayExpress and Pfam, entries from which are also cited widely in the literature. The very high precision and high-throughput of this text-mining pipeline makes this activity possible both accurately and at low cost, which will allow the development of new integrated data services.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr043
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Haeussler M;Gerner M;Bergman CM
通讯作者：
Bergman CM
影响因子：
5.8
作者：
Rebholz-Schuhmann, Dietrich;Arregui, Miguel;Jimeno, Antonio
通讯作者：
Jimeno, Antonio
影响因子：
14.9
作者：
Finn RD;Mistry J;Tate J;Coggill P;Heger A;Pollington JE;Gavin OL;Gunasekaran P;Ceric G;Forslund K;Holm L;Sonnhammer EL;Eddy SR;Bateman A
通讯作者：
Bateman A
影响因子：
14.9
作者：
McEntyre JR;Ananiadou S;Andrews S;Black WJ;Boulderstone R;Buttery P;Chaplin D;Chevuru S;Cobley N;Coleman LA;Davey P;Gupta B;Haji-Gholam L;Hawkins C;Horne A;Hubbard SJ;Kim JH;Lewin I;Lyte V;MacIntyre R;Mansoor S;Mason L;McNaught J;Newbold E;Nobata C;Ong E;Pillai S;Rebholz-Schuhmann D;Rosie H;Rowbotham R;Rupp CJ;Stoehr P;Vaughan P
通讯作者：
Vaughan P
DOI：
10.1093/database/bas026
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Névéol A;Wilbur WJ;Lu Z
通讯作者：
Lu Z