Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST
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DOI：
10.1007/978-1-4939-9173-0_13
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发表时间：
2019-01-01
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Nakamura, Yasukazu
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Tanizawa, Yasuhiro;Fujisawa, Takatomo;Nakamura, Yasukazu
DDBJ 快速注释和提交工具 (DFAST) 是原核生物基因组注释管道，还有助于将数据提交到公共序列数据库。它既可以作为 Web 服务使用，也可以作为在本地计算机上运行的独立工具使用。 DFAST 可以在 5 分钟内注释典型大小的细菌基因组。默认注释工作流程包含蛋白质编码序列、rRNA、tRNA 和 CRISPR 的基因预测阶段，以及推断蛋白质功能的功能注释阶段。 DFAST 生成标准注释格式的结果文件和数据文件，以提交给日本 DNA 数据库 (DDBJ)。本章介绍DFAST的标注工作流程和应用。
DDBJ Fast Annotation and Submission Tool (DFAST) is a genome annotation pipeline for prokaryotes, which also assists data submission to the public sequence database. It is available both as a web service and as a stand-alone tool that runs on local machines. DFAST can annotate a typical-sized bacterial genome within 5 min. The default annotation workflow contains a gene prediction phase for protein coding sequence, rRNA, tRNA, and CRISPR, and a functional annotation phase to infer protein functions. DFAST generates result files in standard annotation formats and data files for submission to DNA Data Bank of Japan (DDBJ). In this chapter, the annotation workflow and applications of DFAST are introduced.