Automatic correspondence of tags and genes (ACTG): a tool for the analysis of SAGE, MPSS and SBS data
Automatic correspondence of tags and genes (ACTG): a tool for the analysis of SAGE, MPSS and SBS data
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btm023
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发表时间：
2007-04-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Kuo, Winston P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Galante, Pedro A. F.;Trimarchi, Jeff;Kuo, Winston P.
任何SAGE、MPSS和SBS数据分析中的关键步骤是标签-基因分配。当前可用的工具受到逐个标签注释过程的限制和/或不提供用于产生完整的标签到基因映射的数据集。我们开发了ACTG，一个基于网络的应用程序，允许使用几个参考数据集进行大规模的标签到基因的映射。ACTG可以注释人和小鼠生物体的SAGE（14或21 bp）、MPSS（17或20 bp）和SBS（16 bp）数据。
A critical step in any SAGE, MPSS and SBS data analysis is tag-to-gene assignment. Current available tools are limited by a tag-by-tag annotation process and/or do not provide the dataset that is used to produce a complete tag-to-gene mapping. We developed ACTG, a web-based application that allows a large-scale tag-to-gene mapping using several reference datasets. ACTG can annotate SAGE (14 or 21 bp), MPSS (17 or 20 bp) and SBS (16 bp) data for both human and mouse organisms.