Methodologies for studying the spliceosome's RNA dynamics with single-molecule FRET.
Methodologies for studying the spliceosome's RNA dynamics with single-molecule FRET.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2017.05.011
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发表时间：
2017-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hoskins AA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van der Feltz C;Hoskins AA
剪接体是一种非常动态的分子机器，它的组成以及蛋白质和RNA的构象都需要发生显著的变化才能进行前mRNA的剪接。单分子荧光共振能量转移(SmFRET)可以用来解释这些动力学，无论是在特征良好的模型系统中，还是在整个剪接体中。这些类型的单分子数据提供了有关剪接体成分的新信息，并可用于识别具有独特行为的分子亚群。当smFRET与单分子荧光共定位结合时，构象动力学可以进一步与给定剪接体成分的存在或不存在联系起来。在这里，我们描述了smFRET的实验考虑、方法和工作流程，重点是在剪接机械中的应用。
The spliceosome is an extraordinarily dynamic molecular machine in which significant changes in composition as well as protein and RNA conformation are required for carrying out pre-mRNA splicing. Single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET) can be used to elucidate these dynamics both in well-characterized model systems and in entire spliceosomes. These types of single-molecule data provide novel information about spliceosome components and can be used to identify sub-populations of molecules with unique behaviors. When smFRET is combined with single-molecule fluorescence colocalization, conformational dynamics can be further linked to the presence or absence of a given spliceosome component. Here, we provide a description of experimental considerations, approaches, and workflows for smFRET with an emphasis on applications for the splicing machinery.
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DOI：
10.1261/rna.041806.113
发表时间：
2014-01
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Karunatilaka KS;Rueda D
通讯作者：
Rueda D
影响因子：
7.7
作者：
Kondo Y;Oubridge C;van Roon AM;Nagai K
通讯作者：
Nagai K
影响因子：
64.8
作者：
Bertram, Karl;Agafonov, Dmitry E.;Luehrmann, Reinhard
通讯作者：
Luehrmann, Reinhard
影响因子：
14.9
作者：
Hardin JW;Warnasooriya C;Kondo Y;Nagai K;Rueda D
通讯作者：
Rueda D
影响因子：
3.4
作者：
Dave, Richa;Terry, Daniel S.;Blanchard, Scott C.
通讯作者：
Blanchard, Scott C.