A compendium of 32,277 metagenome-assembled genomes and over 80 million genes from the early-life human gut microbiome.
A compendium of 32,277 metagenome-assembled genomes and over 80 million genes from the early-life human gut microbiome.
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DOI：
10.1038/s41467-022-32805-z
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发表时间：
2022-09-01
影响因子：
16.6
通讯作者：
Wang, Shaopu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zeng, Shuqin;Patangia, Dhrati;Almeida, Alexandre;Zhou, Zhemin;Mu, Dezhi;Ross, R. Paul;Stanton, Catherine;Wang, Shaopu
人类肠道微生物组的微生物特异性参考基因组可以为宏基因组分析提供更高的分辨率，包括分类学分类，菌株水平的基因组研究和功能表征。我们提出了早期生命肠道基因组（埃尔格）目录，其中包含32，277个基因组，代表从3岁以下儿童收集的6122个粪便宏基因组中的2172个物种，包括分娩方式，胎龄，喂养模式和地理位置。埃尔格将分离微生物基因组的系统发育多样性大幅扩大了38%，并通过将宏基因组读数的招募增加到82.8%来扩大早期微生物组的基因组景观。超过60%的埃尔格物种缺乏代表性的分离株。来自儿童的最丰富物种的同种基因组与成人相比在基因多样性和功能上不同。埃尔格基因组编码超过8000万个蛋白质序列，形成了拥有超过400万个蛋白质簇的早期生命肠道蛋白质（ELGP）目录，其中29.5%缺乏功能注释。埃尔格和ELGP参考文献为早期人类肠道微生物组提供了新的见解，并将促进研究，以了解早期人类肠道微生物组的发展和干扰机制。在这里，作者展示了来自三岁以下儿童的早期人类肠道微生物组的大规模资源，其中包括32，277个宏基因组组装的肠道基因组，代表2172个物种，以及超过8000万个肠道蛋白质，代表> 400万个蛋白质簇，跨越多种临床因素，包括年龄，分娩方式，孕龄和喂养模式。
Age-specific reference genomes of the human gut microbiome can provide higher resolution for metagenomic analyses including taxonomic classification, strain-level genomic investigation and functional characterization. We present the Early-Life Gut Genomes (ELGG) catalog with 32,277 genomes representing 2172 species from 6122 fecal metagenomes collected from children under 3 years old spanning delivery mode, gestational age, feeding pattern, and geography. The ELGG substantially expanded the phylogenetic diversity by 38% over the isolate microbial genomes, and the genomic landscape of the early-life microbiome by increasing recruitment of metagenomic reads to 82.8%. More than 60% of the ELGG species lack an isolate representative. The conspecific genomes of the most abundant species from children differed in gene diversity and functions compared to adults. The ELGG genomes encode over 80 million protein sequences, forming the Early-Life Gut Proteins (ELGP) catalog with over four million protein clusters, 29.5% of which lacked functional annotations. The ELGG and ELGP references provided new insights into the early-life human gut microbiome and will facilitate studies to understand the development and mechanisms of disturbances of the human gut microbiome in early life. Here the authors present a large-scale resource of the early-life human gut microbiome from children under three years old, which comprises 32,277 metagenome-assembled gut genomes, representing 2172 species, and more than 80 million gut proteins representing >4 million protein clusters, spanning multiple clinical factors including age, delivery mode, gestational age, and feeding patterns.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
28.3
作者：
Lagier, Jean-Christophe;Khelaifia, Saber;Raoult, Didier
通讯作者：
Raoult, Didier
影响因子：
2.7
作者：
Kang DD;Froula J;Egan R;Wang Z
通讯作者：
Wang Z
影响因子：
5.8
作者：
Kembel, Steven W.;Cowan, Peter D.;Webb, Campbell O.
通讯作者：
Webb, Campbell O.