DeviceEditor visual biological CAD canvas.
DeviceEditor visual biological CAD canvas.
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DOI：
10.1186/1754-1611-6-1
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发表时间：
2012-02-28
影响因子：
5.6
通讯作者：
Hillson NJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen J;Densmore D;Ham TS;Keasling JD;Hillson NJ
生物计算机辅助设计(BioCAD)作为综合设计-建造-测试周期的一部分，帮助从头设计和选择现有的遗传成分，以实现所需的生物学活动。为了满足合成生物学的新需求，BioCAD工具必须解决组合文库设计、设计规则规范和无疤痕多部分DNA组装日益普遍的问题。我们报告了基于Web的BioCAD软件DeviceEditor的开发和部署，该软件提供了一个图形设计环境，模拟了生物实验室中实践的直观可视化白板设计过程。DeviceEditor的主要创新包括可视化组合库设计、与无疤痕多部件DNA装配设计自动化的直接集成，以及用于创建和修改设计规范规则的图形用户界面。我们演示了如何在DeviceEditor画布上呈现生物设计，并展示了复杂设计中遗传组件排序和组合变异的有效可视化。DeviceEditor将研究人员从DNA碱基对操作中解放出来，并使用户能够使用标准化、功能性和可视抽象来创建成功的原型。开放式和文档化的软件界面支持DeviceEditor与其他BioCAD工具和软件平台的进一步集成。DeviceEditor通过按结构进行正确的设计、繁琐任务的自动化、设计重复使用以及最大限度地降低DNA组装成本，节省了研究人员的时间和机构资源。
Biological Computer Aided Design (bioCAD) assists the de novo design and selection of existing genetic components to achieve a desired biological activity, as part of an integrated design-build-test cycle. To meet the emerging needs of Synthetic Biology, bioCAD tools must address the increasing prevalence of combinatorial library design, design rule specification, and scar-less multi-part DNA assembly. We report the development and deployment of web-based bioCAD software, DeviceEditor, which provides a graphical design environment that mimics the intuitive visual whiteboard design process practiced in biological laboratories. The key innovations of DeviceEditor include visual combinatorial library design, direct integration with scar-less multi-part DNA assembly design automation, and a graphical user interface for the creation and modification of design specification rules. We demonstrate how biological designs are rendered on the DeviceEditor canvas, and we present effective visualizations of genetic component ordering and combinatorial variations within complex designs. DeviceEditor liberates researchers from DNA base-pair manipulation, and enables users to create successful prototypes using standardized, functional, and visual abstractions. Open and documented software interfaces support further integration of DeviceEditor with other bioCAD tools and software platforms. DeviceEditor saves researcher time and institutional resources through correct-by-construction design, the automation of tedious tasks, design reuse, and the minimization of DNA assembly costs.
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影响因子：
2.7
作者：
Ramon, Adi;Smith, Hamilton O.
通讯作者：
Smith, Hamilton O.
影响因子：
3.7
作者：
Bilitchenko L;Liu A;Cheung S;Weeding E;Xia B;Leguia M;Anderson JC;Densmore D
通讯作者：
Densmore D
DOI：
10.1126/science.1191652
发表时间：
2010-10-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Ajikumar PK;Xiao WH;Tyo KE;Wang Y;Simeon F;Leonard E;Mucha O;Phon TH;Pfeifer B;Stephanopoulos G
通讯作者：
Stephanopoulos G
影响因子：
4.7
作者：
Hillson, Nathan J.;Rosengarten, Rafael D.;Keasling, Jay D.
通讯作者：
Keasling, Jay D.
影响因子：
8.4
作者：
Redding-Johanson, Alyssa M.;Batth, Tanveer S.;Petzold, Christopher J.
通讯作者：
Petzold, Christopher J.