Rooting the eutherian tree: the power and pitfalls of phylogenomics.
Rooting the eutherian tree: the power and pitfalls of phylogenomics.
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DOI：
10.1186/gb-2007-8-9-r199
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发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Hasegawa M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nishihara H;Okada N;Hasegawa M
在尝试用最大似然法使用基因组规模数据来确定真兽目树的根时，串联分析支持一个完全错误的树，而不同基因的单独分析减少了偏倚。正在进行的基因组测序项目已经导致了基于基因组规模数据的系统发育方法（基因组学），这开始揭示长期悬而未决的系统发育问题。在基因组分析中使用大数据集导致由于采样误差的减少而导致分辨率的全局增加。然而，如果系统发育推断有偏差，完全解析的树仍然可能是错误的。在这里，在尝试根的真兽目树使用基因组规模的数据与最大似然法，我们展示了一个情况下，一个串联分析强烈支持pupelium错误的树，而不同基因的单独分析的总评价大大降低了系统发育推断的偏差。我们的数据集包括2，789个核基因的超过1兆碱基的比对，对核苷酸序列进行串联分析的传统方法表明非洲兽（例如大象）和异节兽（例如犰狳）的误导性单系性具有100%的自举概率。然而，我们的“分离方法”并不支持这种树，这种方法考虑到了基因之间不同的进化节奏和模式，相反，基底非洲兽属树是有利的。我们的分析表明，在不同的基因之间的进化特征有很大的变化的情况下，单独的模型，而不是连接模型，应用于系统发育推断，特别是在基因组规模的数据。
In an attempt to root the eutherian tree using genome-scale data with the maximum likelihood method, a concatenate analysis supports a putatively wrong tree, whereas separate analyses of different genes reduced the bias. Ongoing genome sequencing projects have led to a phylogenetic approach based on genome-scale data (phylogenomics), which is beginning to shed light on longstanding unresolved phylogenetic issues. The use of large datasets in phylogenomic analysis results in a global increase in resolution due to a decrease in sampling error. However, a fully resolved tree can still be wrong if the phylogenetic inference is biased. Here, in an attempt to root the eutherian tree using genome-scale data with the maximum likelihood method, we demonstrate a case in which a concatenate analysis strongly supports a putatively wrong tree, whereas the total evaluation of separate analyses of different genes grossly reduced the bias of the phylogenetic inference. A conventional method of concatenate analysis of nucleotide sequences from our dataset, which includes a more than 1 megabase alignment of 2,789 nuclear genes, suggests a misled monophyly of Afrotheria (for example, elephant) and Xenarthra (for example, armadillo) with 100% bootstrap probability. However, this tree is not supported by our 'separate method', which takes into account the different tempos and modes of evolution among genes, and instead the basal Afrotheria tree is favored. Our analysis demonstrates that in cases in which there is great variation in evolutionary features among different genes, the separate model, rather than the concatenate model, should be used for phylogenetic inference, especially in genome-scale data.
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