PUNS:: transcriptomic- and genomic-in silico PCR for enhanced primer design
PUNS:: transcriptomic- and genomic-in silico PCR for enhanced primer design
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bth257
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发表时间：
2004-10-12
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Okey, AB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boutros, PC;Okey, AB
我们开发了一个CGI/Perl为基础的Web服务器进行在硅片上的聚合酶链反应（PCR）的PCR引物序列。PUNS（Primer-UniGene Selectivity）服务器通过对用户输入的针对转录组和基因组的引物对运行BLACKS分析来模拟PCR反应，以评估引物特异性。PUNS特别适用于鉴定用于定量微阵列验证的高选择性引物。
We developed a CGI/Perl-based web server to perform in silico polymerase chain reaction (PCR) on PCR primer sequences. The PUNS (Primer-UniGene Selectivity) server simulates PCR reactions by running BLASTN analysis on user-entered primer pairs against both the transcriptome and the genome to assess primer specificity. PUNS is particularly suited for the identification of highly selective primers for quantitative microarray validation.