Complete genome and bimodal genomic structure of the amoebal symbiont Neochlamydia strain S13 revealed by ultra-long reads obtained from MinION
Complete genome and bimodal genomic structure of the amoebal symbiont Neochlamydia strain S13 revealed by ultra-long reads obtained from MinION
复制标题
从 MinION 获得的超长读长揭示了变形虫共生体新衣原体菌株 S13 的完整基因组和双峰基因组结构
DOI：
10.1038/s10038-019-0684-3
复制
发表时间：
2019
影响因子：
3.5
通讯作者：
Sugimoto Chihiro
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yamagishi Junya;Hayashida Kyoko;Matsuo Junji;Okubo Torahiko;Kuroda Makoto;Nagai Hiroki;Sekizuka Tsuyoshi;Yamaguchi Hiroyuki;Sugimoto Chihiro
Neochlamydiastrain S13 是棘变形虫的变形虫共生体。共生体赋予宿主对嗜肺军团菌的抵抗力；然而，这种耐药性背后的分子机制尚不完全清楚。基因组分析对于理解复杂的宿主-共生体关系至关重要，但将宿主的基因组 DNA 与共生体的 DNA 分离通常具有挑战性。在本研究中，我们使用由 MinION 衍生的超长读长支持的 PacBio RS II 成功鉴定了新衣藻 S13 中的双峰基因组结构。一种模式由 2,586,667 和 231,307bp 的环状序列组成；另一种是通过长同源区域整合两者的序列。它们编码 2175 个蛋白质编码区，其中一些被认为是通过水平基因转移获得的。它们在新衣原体属中特别保守，并在基因组中形成一个簇，大概是通过基因组复制进行繁殖。此外，值得注意的是，测序的 DNA 是在没有从宿主中分离共生体 DNA 的情况下获得的。这是一种简单且通用的技术，有助于表征自然界中不同的宿主和共生体。
Neochlamydiastrain S13 is an amoebal symbiont of anAcanthamoebasp. The symbiont confers resistance toLegionella pneumophilaon its host; however, the molecular mechanism underlying this resistance is not completely understood. Genome analyses have been crucial for understanding the complicated host–symbiont relationship but segregating the host’s genome DNA from the symbiont’s DNA is often challenging. In this study, we successfully identified a bimodal genomic structure inNeochlamydiastrain S13 using PacBio RS II supported by ultra-long reads derived from MinION. One mode consisted of circular sequences of 2,586,667 and 231,307 bp; the other was an integrated sequence of the two via long homologous regions. They encoded 2175 protein-coding regions, some of which were implied to be acquired via horizontal gene transfer. They were specifically conserved in the genusNeochlamydiaand formed a cluster in the genome, presumably by multiplication through genome replication. Moreover, it was notable that the sequenced DNA was obtained without segregating the symbiont DNA from the host. This is an easy and versatile technique that facilitates the characterization of diverse hosts and symbionts in nature.
登录
查看更多内容
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
3.7
作者：
Walker BJ;Abeel T;Shea T;Priest M;Abouelliel A;Sakthikumar S;Cuomo CA;Zeng Q;Wortman J;Young SK;Earl AM
通讯作者：
Earl AM
微生物组对人类基因组的影响。
影响因子：
9.6
作者：
T. Jeyakumar;N. Beauchemin;P. Gros
通讯作者：
P. Gros
线虫 F-box/WD-重复蛋白 LIN-23 的作用是限制发育过程中的细胞分裂。
DOI：
10.1242/dev.127.23.5071
发表时间：
2000
期刊：
Development (Cambridge, England)
影响因子：
--
作者：
Kipreos,ET;Gohel,SP;Hedgecock,EM
通讯作者：
Hedgecock,EM
环境衣原体改变宿主棘阿米巴的生长速度和运动性
影响因子：
2.2
作者：
Okude M;Matsuo J;Nakamura S;Kawaguchi K;Hayashi Y;Sakai H;Yoshida M;Takahashi K;Yamaguchi H
通讯作者：
Yamaguchi H