小鼠急性心肌梗死后不同时间点的基因表达谱
小鼠急性心肌梗死后不同时间点的基因表达谱
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DOI：
10.12116/j.issn.1004-5619.2021.410505
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
郭相杰
中科院分区：
文献类型：
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作者：
李昊;贾孝;白雅琴;吴鹏;郭华林;贠克明;高彩荣;郭相杰
目的探寻急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)小鼠心肌组织mRNA的差异表达及时序性变化规律。方法从基因表达综合数据库中下载小鼠AMI相关数据集GSE4648,筛选数据集中AMI实验组和假手术对照组术后0.25、1、4、12、24、48 h 6个时间点左心室心肌组织样本各6个,空白对照组左心室心肌组织样本数据6个,共78个样本数据进行分析。使用R软件包中的Bioconductor package limma分析差异表达基因,使用clusterProfiler进行功能通路富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用关系(protein-protein interaction,PPI)网络、Degree拓扑算法确定关键基因,最后使用Mfuzz进行时序性聚类分析。结果共1 320个差异表达基因与AMI发生发展有关。功能富集结果包括细胞分解代谢过程、炎症反应的调控、肌肉系统及脉管系统发育、细胞黏附等,信号通路主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路。AMI关键基因包括MYL7、TSC22D2、HSPA1A、BTG2、NR4A1、RYR2,在AMI发生后0.25~48 h出现不同程度的上调或下调。结论AMI中差异表达基因的功能信号通路及关键基因的时序性表达可能为AMI的法医学鉴定提供参考。