In silico whole genome association scan for murine prepulse inhibition.
In silico whole genome association scan for murine prepulse inhibition.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0005246
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
van den Oord EJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Webb BT;McClay JL;Vargas-Irwin C;York TP;van den Oord EJ
前脉冲抑制（PPI）的复杂特征是一种与精神分裂症相关的感觉门控测量，可以在小鼠中进行测量。近交系小鼠品系基因型和表型（例如 PPI）的大型公共存储库可用于计算机模拟检测数量性状基因座 (QTL)。然而，该方法因品系数量不足、无法控制错误发现、近交小鼠的复杂单倍型结构以及未能解释基因型和表型亚群等问题而受到批评。我们实施了一种方法，通过结合系统发育分析、具有混合效应的多级回归和错误发现率 (FDR) 控制来解决这些问题。使用 37 个表型菌株的 17,000 多个单核苷酸多态性 (SNP) 进行 PPI 全基因组扫描。 89 个 SNP 具有显着性，错误发现率 (FDR) 为 5%。在考虑了远程连锁不平衡后，我们发现 3 个独立的 QTL 位于小鼠 1 号和 13 号染色体上。其中一个 PPI 阳性对应于人类 6p 号染色体的一个区域，其中包括与精神分裂症有关的基因 DTNBP1。另一个区域包括 Tsn 基因，该基因被敲除后会改变 PPI。这些基因似乎也与 PPI 具有相关表达。这些结果支持使用改进的计算机作图方法来识别复杂性状（例如 PPI）的 QTL 的有用性，然后可以将其用于帮助识别影响人类精神分裂症的基因座。
The complex trait of prepulse inhibition (PPI) is a sensory gating measure related to schizophrenia and can be measured in mice. Large-scale public repositories of inbred mouse strain genotypes and phenotypes such as PPI can be used to detect Quantitative Trait Loci (QTLs) in silico. However, the method has been criticized for issues including insufficient number of strains, not controlling for false discoveries, the complex haplotype structure of inbred mice, and failing to account for genotypic and phenotypic subgroups. We have implemented a method that addresses these issues by incorporating phylogenetic analyses, multilevel regression with mixed effects, and false discovery rate (FDR) control. A genome-wide scan for PPI was conducted using over 17,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 37 strains phenotyped. Eighty-nine SNPs were significant at a false discovery rate (FDR) of 5%. After accounting for long-range linkage disequilibrium, we found 3 independent QTLs located on murine chromosomes 1 and 13. One of the PPI positives corresponds to a region of human chromosome 6p which includes DTNBP1, a gene implicated in schizophrenia. Another region includes the gene Tsn which alters PPI when knocked out. These genes also appear to have correlated expression with PPI. These results support the usefulness of using an improved in silico mapping method to identify QTLs for complex traits such as PPI which can be then be used for to help identify loci influencing schizophrenia in humans.
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影响因子：
3.6
作者：
Hitzemann, Robert;Malmanger, Barry;Belknap, John;Darakjian, Priscila;McWeeney, Shannon
通讯作者：
McWeeney, Shannon
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
30.8
作者：
Chesler, EJ;Lu, L;Williams, RW
通讯作者：
Williams, RW
影响因子：
--
作者：
Cannon, TD;Hennah, W;Peltonen, L
通讯作者：
Peltonen, L
影响因子：
4.7
作者：
Hinterhoelzl, JK;Salimi, K;Marksteiner, J
通讯作者：
Marksteiner, J