Tissue-specific direct targets of Caenorhabditis elegans Rb/E2F dictate distinct somatic and germline programs.
Tissue-specific direct targets of Caenorhabditis elegans Rb/E2F dictate distinct somatic and germline programs.
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DOI：
10.1186/gb-2013-14-1-r5
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发表时间：
2013-01-23
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Reinke V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kudron M;Niu W;Lu Z;Wang G;Gerstein M;Snyder M;Reinke V
肿瘤抑制因子Rb/E2F在发育过程中调节基因表达以控制多种组织的分化，尽管它在体内如何指导组织特异性基因调控尚不清楚。我们确定了秀丽隐杆线虫Rb/ e2f样成分在种系、肠道和整个胞体中的全基因组结合谱，并揭示了高度组织特异性的结合模式和靶基因。秀丽隐杆线虫Rb的同源基因LIN-35的染色质关联在种系中受损，但在体细胞中却很强大，这一特征可能决定了两种细胞类型对基因表达的不同影响。在肠道中，LIN-35和Hp1的同源异染色质蛋白HPL-2在许多缺乏E2F的位点协同结合。最后，选定的直接靶基因有助于lin-35突变体的体细胞向种系转化，包括促进H3K36甲基化的体细胞特异性靶基因mes-4，以及在22G小RNA通路中起作用的种系特异性靶基因csr-1。总之，组织特异性结合谱和效应靶基因的鉴定揭示了Rb/E2F在体内控制不同细胞命运的机制的重要见解。
The tumor suppressor Rb/E2F regulates gene expression to control differentiation in multiple tissues during development, although how it directs tissue-specific gene regulation in vivo is poorly understood. We determined the genome-wide binding profiles for Caenorhabditis elegans Rb/E2F-like components in the germline, in the intestine and broadly throughout the soma, and uncovered highly tissue-specific binding patterns and target genes. Chromatin association by LIN-35, the C. elegans ortholog of Rb, is impaired in the germline but robust in the soma, a characteristic that might govern differential effects on gene expression in the two cell types. In the intestine, LIN-35 and the heterochromatin protein HPL-2, the ortholog of Hp1, coordinately bind at many sites lacking E2F. Finally, selected direct target genes contribute to the soma-to-germline transformation of lin-35 mutants, including mes-4, a soma-specific target that promotes H3K36 methylation, and csr-1, a germline-specific target that functions in a 22G small RNA pathway. In sum, identification of tissue-specific binding profiles and effector target genes reveals important insights into the mechanisms by which Rb/E2F controls distinct cell fates in vivo.
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影响因子：
4.5
作者：
Rechtsteiner A;Ercan S;Takasaki T;Phippen TM;Egelhofer TA;Wang W;Kimura H;Lieb JD;Strome S
通讯作者：
Strome S
DPL-1（DP）在种植线上起作用，以协调秀丽隐杆线虫的排卵和施肥。
影响因子：
2.6
作者：
Chi, Woo;Reinke, Valerie
通讯作者：
Reinke, Valerie
DOI：
10.1242/dev.02490
发表时间：
2006-08-01
期刊：
Development (Cambridge, England)
影响因子：
--
作者：
Chi, Woo;Reinke, Valerie
通讯作者：
Reinke, Valerie
影响因子：
3.3
作者：
Polley, Stanley R. G.;Fay, David S.
通讯作者：
Fay, David S.
影响因子：
16
作者：
Ceol, CJ;Horvitz, HR
通讯作者：
Horvitz, HR