Enhancing scalability of the gyrokinetic code GS 2 by using MPI Shared Memory for FFTs
Enhancing scalability of the gyrokinetic code GS 2 by using MPI Shared Memory for FFTs
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通过使用用于 FFT 的 MPI 共享内存来增强回旋代码 GS 2 的可扩展性
DOI：
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
R. Peierls
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Lucian Anton;F. V. Wyk;E. Highcock;C. Roach;J. T. Parker;R. Peierls
GS 2 [1]是一个用于模拟磁约束聚变等离子体中低频电磁湍流的5D初值并行程序。可行的计算通常捕获长度尺度接近电子或离子拉莫尔半径的等离子体湍流。自洽地捕获离子尺度和电子尺度的湍流之间的相互作用需要大幅增加计算规模。我们描述了一种新的算法，用于计算FFT在GS 2，减少MPI通信使用MPI 3共享内存。利用节点本地的FFT数据，新算法将完美缩放扩展到几乎高出10倍的核心计数（如果负载不平衡很小）。对于较大的FFT，我们提出并分析了该算法的一个版本的性能，该算法将FFT数据分布在一组节点的共享内存中。
GS2 [1] is a 5D initial value parallel code used to simulate low frequency electromagnetic turbulence in magnetically confined fusion plasmas. Feasible calculations routinely capture plasma turbulence at length scales close either to the electron or the ion Larmor radius. Self-consistently capturing the interaction between turbulence at ion scale and electron scale requires a huge increase in the scale of computation. We describe a new algorithm for computing FFTs in GS2 that reduces MPI communication using MPI 3 shared memory. With FFT data local to a node, the new algorithm extends perfect scaling to core-counts higher by almost a factor of 10 (if the load imbalance is small). For larger FFTs we propose and analyse the performance of a version of this algorithm that distributes the FFT data in shared memory over a group of nodes.
使用X射线相位成像法观察轮岛涂
DOI：
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
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作者：
宮部さやか;藤井規史;藤本慎司;岡本博之，藤森茜，森川公彦，水野薫
通讯作者：
岡本博之，藤森茜，森川公彦，水野薫