An integrative method for identifying the over-annotated protein-coding genes in microbial genomes.
An integrative method for identifying the over-annotated protein-coding genes in microbial genomes.
复制标题
鉴定微生物基因组中过度注释的蛋白质编码基因的综合方法
DOI：
10.1093/dnares/dsr030
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发表时间：
2011-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sun X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yu JF;Xiao K;Jiang DK;Guo J;Wang JH;Sun X
错误注释的蛋白质编码基因被认为是造成公共数据库注释错误的主要原因之一。尽管许多过滤方法是针对过度注释的蛋白质编码基因而设计的，但由于由此导致的假阴性增加，有些方法值得怀疑。此外，没有专门针对过度注释问题设计的网络服务器或软件。在这项研究中，我们提出了一种用于检测微生物中过度注释的蛋白质编码基因的综合算法。总体而言，61 个微生物基因组的平均准确度达到 99.94%。极高的准确性表明该算法可以有效地区分蛋白质编码基因和非编码开放阅读框。大量分析表明，预测结果可靠，综合算法稳健、方便。我们的分析还表明，过度注释的蛋白质编码基因可能会导致水平基因转移检测的假阳性。所提出算法的网络服务器可以从 www.cbi.seu.edu.cn/RPGM 免费访问。
The falsely annotated protein-coding genes have been deemed one of the major causes accounting for the annotating errors in public databases. Although many filtering approaches have been designed for the over-annotated protein-coding genes, some are questionable due to the resultant increase in false negative. Furthermore, there is no webserver or software specifically devised for the problem of over-annotation. In this study, we propose an integrative algorithm for detecting the over-annotated protein-coding genes in microorganisms. Overall, an average accuracy of 99.94% is achieved over 61 microbial genomes. The extremely high accuracy indicates that the presented algorithm is efficient to differentiate the protein-coding genes from the non-coding open reading frames. Abundant analyses show that the predicting results are reliable and the integrative algorithm is robust and convenient. Our analysis also indicates that the over-annotated protein-coding genes can cause the false positive of horizontal gene transfers detection. The webserver of the proposed algorithm can be freely accessible from www.cbi.seu.edu.cn/RPGM.
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