A sequence-independent analysis of the loop length dependence of intramolecular RNA G-quadruplex stability and topology.
A sequence-independent analysis of the loop length dependence of intramolecular RNA G-quadruplex stability and topology.
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分子内RNA G四链体稳定性和拓扑结构的环长度依赖性的序列独立分析。
DOI：
10.1021/bi200805j
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发表时间：
2011-08-23
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Amy Y. Q.;Bugaut, Anthony;Balasubramanian, Shankar
G-四链体是基于鸟嘌呤缔合的非规范核酸二级结构，其容易被富含G的RNA和DNA序列采用。天然存在的基因组G-四链体形成序列在生物学中具有通过结构介导的功能作用。为了理解这是如何实现的，理解G-四链体形成的可能性和在一组限定的条件下折叠的种类的结构特征是有益的。我们先前系统地研究了DNA G-四链体的热力学稳定性和折叠拓扑结构，并发现这些性质对环长度和环排列的强烈依赖性[Bugaut，A.，和Balasubramanian，S.（2008）Biochemistry 47，689-697]。在这里，我们报告的RNA G-四链体的互补分析，使用UV熔融和圆二色光谱，也作为一个比较，相当于DNA G-四链体形成序列。我们发现，G-四链体RNA的热力学稳定性可以通过环的长度来调节，而整体结构在很大程度上不受影响。我们研究的系统设计还揭示了RNA G-四链体结构中微妙的环长度依赖性。
G-Quadruplexes are noncanonical nucleic acid secondary structures based on guanine association that are readily adopted by G-rich RNA and DNA sequences. Naturally occurring genomic G-quadruplex-forming sequences have functional roles in biology that are mediated through structure. To appreciate how this is achieved, an understanding of the likelihood of G-quadruplex formation and the structural features of the folded species under a defined set of conditions is informative. We previously systematically investigated the thermodynamic stability and folding topology of DNA G-quadruplexes and found a strong dependence of these properties on loop length and loop arrangement [Bugaut, A., and Balasubramanian, S. (2008) Biochemistry 47, 689–697]. Here we report on a complementary analysis of RNA G-quadruplexes using UV melting and circular dichroism spectroscopy that also serves as a comparison to the equivalent DNA G-quadruplex-forming sequences. We found that the thermodynamic stability of G-quadruplex RNA can be modulated by loop length while the overall structure is largely unaffected. The systematic design of our study also revealed subtle loop length dependencies in RNA G-quadruplex structure.
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影响因子：
14.9
作者：
Gomez D;Guédin A;Mergny JL;Salles B;Riou JF;Teulade-Fichou MP;Calsou P
通讯作者：
Calsou P
影响因子：
3.2
作者：
Bugaut A;Rodriguez R;Kumari S;Hsu ST;Balasubramanian S
通讯作者：
Balasubramanian S
DOI：
10.1083/jcb.136.4.761
发表时间：
1997-02-24
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Bashkirov VI;Scherthan H;Solinger JA;Buerstedde JM;Heyer WD
通讯作者：
Heyer WD
影响因子：
14.9
作者：
Halder K;Wieland M;Hartig JS
通讯作者：
Hartig JS
影响因子：
56.9
作者：
Azzalin, Claus M.;Reichenbach, Patrick;Lingner, Joachim
通讯作者：
Lingner, Joachim