FlexSLiM: a Novel Approach for Short Linear Motif Discovery in Protein Sequences
FlexSLiM: a Novel Approach for Short Linear Motif Discovery in Protein Sequences
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FlexSLiM：蛋白质序列中短线性基序发现的新方法
DOI：
10.1145/3194480.3194501
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hu, Haiyan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Xiaoman;Ge, Ping;Hu, Haiyan
短线性基序是3至11个氨基酸长的肽模式，在调节蛋白质活性中发挥重要的调节作用。虽然它们在蛋白质中含量丰富，但由于短线性基序与其配偶体的低亲和力结合和瞬时相互作用，通常很难通过实验发现它们。此外，现有的计算方法不能有效地预测短的线性基序，由于其短和退化的性质。在这里，我们开发了一种新的方法，FlexSLiM，用于可靠地发现蛋白质序列中的短线性基序。通过对模拟数据和基准实验数据进行测试，我们证明FlexSLiM比现有方法更有效地识别短线性基序。我们提供了一个通用的工具，这将促进短线性基序的理解，这将有利于蛋白质靶向信号，蛋白质翻译后修饰等的研究。
Short linear motifs are 3 to 11 amino acid long peptide patterns that play important regulatory roles in modulating protein activities. Although they are abundant in proteins, it is often difficult to discover them by experiments, because of the low affinity binding and transient interaction of short linear motifs with their partners. Moreover, available computational methods cannot effectively predict short linear motifs, due to their short and degenerate nature. Here we developed a novel approach, FlexSLiM, for reliable discovery of short linear motifs in protein sequences. By testing on simulated data and benchmark experimental data, we demonstrated that FlexSLiM more effectively identifies short linear motifs than existing methods. We provide a general tool that will advance the understanding of short linear motifs, which will facilitate the research on protein targeting signals, protein post-translational modifications, and many others.
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