RNA-Binding Protein Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing.
RNA-Binding Protein Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing.
复制标题
RNA 结合蛋白免疫沉淀和高通量测序
DOI：
10.1007/978-1-0716-0880-7_23
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发表时间：
2021
影响因子：
--
通讯作者：
Staiger D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Köster T;Staiger D
RNA结合蛋白质组在控制RNA分子生命的每一步中发挥着关键作用。通过与专用序列基序的相互作用，RNA 结合蛋白协调基因组的处理。了解这种由 RNA 结合蛋白控制的转录后网络需要全面鉴定其体内靶标。在拟南芥中，RNA 免疫沉淀随后进行逆转录 PCR 已被广泛用于测试候选靶标与 RNA 结合蛋白的关联。未知目标转录本的检测需要在整个转录组水平上操作的方法。在这里，我们描述了一种 RNA 免疫沉淀协议，该协议与从共纯化的 RNA 生成文库进行高通量测序相结合。这使得能够在全球范围内确定与植物中 RNA 结合蛋白相关的 RNA。
The RNA-binding proteome plays a key role in controlling every step in the life of RNA molecules. Through interaction with dedicated sequence motifs, RNA-binding proteins coordinate processing of cohorts of genes. Understanding such posttranscriptional networks controlled by an RNA-binding protein requires a comprehensive identification of itsin vivotargets. InArabidopsis thaliana, RNA immunoprecipitation followed by reverse transcription-PCR has been widely used to test the association of candidate targets with RNA-binding proteins. The detection of unknown target transcripts requires methods operating at the level of the entire transcriptome. Here, we describe a protocol for RNA immunoprecipitation coupled to the generation of libraries from the co-purified RNAs for high-throughput sequencing. This allows determining RNAs associated with RNA-binding proteinsin plantaat a global scale.
DOI：
10.1007/978-1-62703-580-4_35
发表时间：
2014-01-01
期刊：
ARABIDOPSIS PROTOCOLS, 3RD EDITION
影响因子：
--
作者：
Koester, Tino;Staiger, Dorothee
通讯作者：
Staiger, Dorothee
影响因子：
4.5
作者：
Mili, S;Steitz, JA
通讯作者：
Steitz, JA
影响因子：
12.3
作者：
Meyer K;Köster T;Nolte C;Weinholdt C;Lewinski M;Grosse I;Staiger D
通讯作者：
Staiger D