Systematic errors in orthology inference and their effects on evolutionary analyses.
Systematic errors in orthology inference and their effects on evolutionary analyses.
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DOI：
10.1016/j.isci.2021.102110
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发表时间：
2021-02-19
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Telford MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Natsidis P;Kapli P;Schiffer PH;Telford MJ
从许多生物体中获得完整的基因组，使得鉴定某些进化枝所特有的（或丢失的）基因成为可能。这些信息用于重建系统发育树;识别参与进化枝特定新颖性进化的基因;以及用于系统地层学-识别给定物种中基因的年龄。这些研究依赖于准确预测的直系同源物。在这里，我们使用模拟来产生没有增益或损失的直系同源物组。我们发现，在确定直系同源物的错误增加更高的进化速率。我们使用预测的直向同源物集，错误，重建系统发育树，计算收益和损失，并为地层学。我们的模拟数据，包含的信息只从错误的正态预测，密切概括的实证数据的结果。我们建议发表的下游分析必须告知在很大程度上的错误，模仿预期的基因进化模式的直系预测。跨物种共享直系同源物的存在用于进化分析我们模拟了真实的直系同源物组，没有增益或损失预测共享直系同源物与系统发育关系相关的错误基于错误的存在/不存在数据集概括了经验数据的发现生物科学;进化生物学;进化过程;进化机制;系统发育学;系统发育
The availability of complete sets of genes from many organisms makes it possible to identify genes unique to (or lost from) certain clades. This information is used to reconstruct phylogenetic trees; identify genes involved in the evolution of clade specific novelties; and for phylostratigraphy—identifying ages of genes in a given species. These investigations rely on accurately predicted orthologs. Here we use simulation to produce sets of orthologs that experience no gains or losses. We show that errors in identifying orthologs increase with higher rates of evolution. We use the predicted sets of orthologs, with errors, to reconstruct phylogenetic trees; to count gains and losses; and for phylostratigraphy. Our simulated data, containing information only from errors in orthology prediction, closely recapitulate findings from empirical data. We suggest published downstream analyses must be informed to a large extent by errors in orthology prediction that mimic expected patterns of gene evolution. Presence of shared orthologs across species is used for evolutionary analyses We simulated realistic sets of orthologs with no gains or losses Errors predicting shared orthologs correlate with phylogenetic relationships Presence/absence datasets based on errors recapitulate findings from empirical data Biological Sciences; Evolutionary Biology; Evolutionary Processes; Evolutionary Mechanisms; Phylogenetics; Phylogeny
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影响因子：
10.7
作者：
Domazet-Lošo T;Carvunis AR;Albà MM;Šestak MS;Bakaric R;Neme R;Tautz D
通讯作者：
Tautz D
影响因子：
10.7
作者：
Nguyen LT;Schmidt HA;von Haeseler A;Minh BQ
通讯作者：
Minh BQ
影响因子：
16.8
作者：
Fernandez, Rosa;Gabaldon, Toni
通讯作者：
Gabaldon, Toni
DOI：
10.2307/2412448
发表时间：
1970-01-01
期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
作者：
FITCH, WM
通讯作者：
FITCH, WM
影响因子：
64.8
作者：
Cannon, Johanna Taylor;Vellutini, Bruno Cossermelli;Hejnol, Andreas
通讯作者：
Hejnol, Andreas