Explore, Visualize, and Analyze Functional Cancer Proteomic Data Using the Cancer Proteome Atlas.
Explore, Visualize, and Analyze Functional Cancer Proteomic Data Using the Cancer Proteome Atlas.
复制标题
DOI：
10.1158/0008-5472.can-17-0369
复制
发表时间：
2017-11-01
期刊：
影响因子：
11.2
通讯作者：
Liang H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li J;Akbani R;Zhao W;Lu Y;Weinstein JN;Mills GB;Liang H
反相蛋白阵列 (RPPA) 代表了一种强大的功能蛋白质组学方法，可用于阐明癌症相关分子机制并开发新型癌症疗法。为了促进对该平台生成的大规模蛋白质表达数据进行基于社区的调查，我们开发了一个用户友好的、开放获取的生物信息资源，即癌症蛋白质组图谱（TCPA，http://tcpaportal.org），其中包含两个独立的 Web 应用程序。第一个重点关注患者肿瘤的 RPPA 数据，其中包含来自癌症基因组图谱和其他独立患者队列的 32 种癌症类型的 8,000 个以上样本。第二个应用程序侧重于癌细胞系的 RPPA 数据，包含 19 个谱系的超过 650 个独立细胞系。其中许多细胞系都拥有公开的高质量 DNA、RNA 和药物筛选数据。 TCPA 提供各种分析和可视化模块，帮助癌症研究人员探索这些数据集并以有效且直观的方式生成可检验的假设。
Reverse-phase protein arrays (RPPAs) represent a powerful functional proteomic approach to elucidate cancer-related molecular mechanisms and develop novel cancer therapies. To facilitate community-based investigation of the large-scale protein expression data generated by this platform, we have developed a user-friendly, open-access bioinformatic resource, The Cancer Proteome Atlas (TCPA, http://tcpaportal.org), which contains two separate web applications. The first one focuses on RPPA data of patient tumors, which contains >8,000 samples of 32 cancer types from The Cancer Genome Atlas and other independent patient cohorts. The second application focuses on the RPPA data of cancer cell lines, and contains >650 independent cell lines across 19 lineages. Many of these cell lines have publicly available, high-quality DNA, RNA and drug screening data. TCPA provides various analytic and visualization modules to help cancer researchers explore these datasets and generate testable hypotheses in an effective and intuitive manner.