Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias.
Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-3-r22
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Pachter L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roberts A;Trapnell C;Donaghey J;Rinn JL;Pachter L
The biochemistry of RNA-Seq library preparation results in cDNA fragments that are not uniformly distributed within the transcripts they represent. This non-uniformity must be accounted for when estimating expression levels, and we show how to perform the needed corrections using a likelihood based approach. We find improvements in expression estimates as measured by correlation with independently performed qRT-PCR and show that correction of bias leads to improved replicability of results across libraries and sequencing technologies.
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影响因子：
8
作者：
Marguerat, Samuel;Baehler, Juerg
通讯作者：
Baehler, Juerg
影响因子：
14.9
作者：
Hansen KD;Brenner SE;Dudoit S
通讯作者：
Dudoit S
影响因子：
46.9
作者：
Trapnell C;Williams BA;Pertea G;Mortazavi A;Kwan G;van Baren MJ;Salzberg SL;Wold BJ;Pachter L
通讯作者：
Pachter L
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp692
发表时间：
2010-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li B;Ruotti V;Stewart RM;Thomson JA;Dewey CN
通讯作者：
Dewey CN