SplicePort--an interactive splice-site analysis tool.
SplicePort--an interactive splice-site analysis tool.
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DOI：
10.1093/nar/gkm407
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mount SM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dogan RI;Getoor L;Wilbur WJ;Mount SM
SplicePort 是一种基于网络的剪接位点分析工具，允许用户对提交的序列进行剪接位点预测。此外，用户还可以浏览这些预测背后的丰富特征目录，我们发现这些特征能够在人类剪接位点上提供高分类精度。特征选择针对人类剪接位点进行了优化，但所选特征也可能对其他哺乳动物具有预测作用。通过我们的交互式特征浏览和可视化工具，用户可以查看和探索剪接位点预测中使用的特征子集（解释特定输入序列分类的特征或完整特征集合）。可以轻松搜索、排名或显示所选的功能集。用户可以将特征分组为集群，并且可以为每个集群生成频率图 WebLogos。用户可以浏览已识别的簇及其贡献元素，寻找新的有趣信号，或者可以验证之前观察到的信号。 SplicePort Web 服务器可以通过 http://www.cs.umd.edu/projects/SplicePort 和 http://www.spliceport.org 访问。
SplicePort is a web-based tool for splice-site analysis that allows the user to make splice-site predictions for submitted sequences. In addition, the user can also browse the rich catalog of features that underlies these predictions, and which we have found capable of providing high classification accuracy on human splice sites. Feature selection is optimized for human splice sites, but the selected features are likely to be predictive for other mammals as well. With our interactive feature browsing and visualization tool, the user can view and explore subsets of features used in splice-site prediction (either the features that account for the classification of a specific input sequence or the complete collection of features). Selected feature sets can be searched, ranked or displayed easily. The user can group features into clusters and frequency plot WebLogos can be generated for each cluster. The user can browse the identified clusters and their contributing elements, looking for new interesting signals, or can validate previously observed signals. The SplicePort web server can be accessed at http://www.cs.umd.edu/projects/SplicePort and http://www.spliceport.org.
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影响因子：
14.9
作者：
Cartegni, L;Wang, JH;Krainer, AR
通讯作者：
Krainer, AR
影响因子：
64.5
作者：
Wang, ZF;Rolish, ME;Burge, CB
通讯作者：
Burge, CB
影响因子：
14.9
作者：
Hebsgaard, SM;Korning, PG;Brunak, S
通讯作者：
Brunak, S
影响因子：
14.9
作者：
Brendel, V;Kleffe, J
通讯作者：
Kleffe, J
DOI：
10.1023/a:1011441423217
发表时间：
2001-01-01
期刊：
INFORMATION RETRIEVAL
影响因子：
--
作者：
Zhang, T;Oles, FJ
通讯作者：
Oles, FJ