KDM2 proteins constrain transcription from CpG island gene promoters independently of their histone demethylase activity
KDM2 proteins constrain transcription from CpG island gene promoters independently of their histone demethylase activity
复制标题
KDM2 蛋白限制 CpG 岛基因启动子的转录，与其组蛋白去甲基化酶活性无关
DOI：
10.1093/nar/gkz607
复制
发表时间：
2019
影响因子：
14.9
通讯作者：
Klose Robert J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Turberfield Anne H;Kondo Takashi;Nakayama Manabu;Koseki Yoko;King Hamish W;Koseki Haruhiko;Klose Robert J
CpG岛（CGI）与大多数哺乳动物基因启动子相关，并具有招募染色质修饰酶的功能。因此，有人提出CGIs通过基于染色质的机制调节基因表达，然而在大多数情况下，这还没有被直接测试。在这里，我们揭示了组蛋白H3赖氨酸36（H3K36）脱甲基酶活性的CGI结合KDM2蛋白只适度的CGI相关基因启动子的H3K36me2耗尽状态，并为正常的基因表达。相反，我们发现KDM2蛋白在限制CGI相关基因启动子的基因表达中发挥着广泛的和脱甲基酶独立的作用。我们进一步表明，KDM2蛋白的形状RNA聚合酶II占用，但不是在CGI相关的启动子染色质的可及性。这揭示了KDM2蛋白在转录抑制中的脱甲基酶独立作用，并揭示了CGIs在限制基因表达中的新功能。
CpG islands (CGIs) are associated with the majority of mammalian gene promoters and function to recruit chromatin modifying enzymes. It has therefore been proposed that CGIs regulate gene expression through chromatin-based mechanisms, however in most cases this has not been directly tested. Here, we reveal that the histone H3 lysine 36 (H3K36) demethylase activity of the CGI-binding KDM2 proteins contributes only modestly to the H3K36me2-depleted state at CGI-associated gene promoters and is dispensable for normal gene expression. Instead, we discover that KDM2 proteins play a widespread and demethylase-independent role in constraining gene expression from CGI-associated gene promoters. We further show that KDM2 proteins shape RNA Polymerase II occupancy but not chromatin accessibility at CGI-associated promoters. Together this reveals a demethylase-independent role for KDM2 proteins in transcriptional repression and uncovers a new function for CGIs in constraining gene expression.
登录
查看更多内容
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
10.5
作者：
Lagarou, Anna;Mohd-Sarip, Adone;Verrijzer, C. Peter
通讯作者：
Verrijzer, C. Peter
影响因子：
16
作者：
Joshi, AA;Struhl, K
通讯作者：
Struhl, K
DOI：
10.1073/pnas.0506350102
发表时间：
2005-12-06
影响因子：
11.1
作者：
Li, M;Phatnani, HP;Zhou, P
通讯作者：
Zhou, P
影响因子：
14.9
作者：
Schaft, D;Roguev, A;Stewart, AF
通讯作者：
Stewart, AF