Peptide-Spectrum Match Validation with Internal Standards (P-VIS): Internally-Controlled Validation of Mass Spectrometry-Based Peptide Identifications.
Peptide-Spectrum Match Validation with Internal Standards (P-VIS): Internally-Controlled Validation of Mass Spectrometry-Based Peptide Identifications.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.0c00355
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发表时间：
2021-01-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Delong T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wiles TA;Saba LM;Delong T
液相色谱-串联质谱是一种越来越强大的研究疾病背景下蛋白质的工具。随着仪器和数据分析技术的进步，使蛋白质组和肽组的更深入的分析，需要一个严格的，标准化的方法来验证个人肽谱匹配（PSM）已经出现。为了满足这一需求，我们开发了一种新颖且广泛适用的工作流程：使用内部标准品进行PSM验证（P-VIS）。在这种方法中，将生物样品中肽的片段化光谱和色谱保留时间与推定肽序列匹配的合成版本的那些进行比较。然后使用一组内标肽获得的相似性测量值来计算有效匹配的预测区间。如果观察到的生物肽和合成肽之间的相似程度福尔斯落在该预测区间内，则认为匹配有效。P-VIS能够系统和客观地评估单个PSM的有效性，在通过质谱法鉴定肽时提供可测量的置信度。
Liquid chromatography–tandem mass spectrometry is an increasingly powerful tool for studying proteins in the context of disease. As technological advances in instrumentation and data analysis have enabled deeper profiling of proteomes and peptidomes, the need for a rigorous, standardized approach to validate individual peptide–spectrum matches (PSMs) has emerged. To address this need, we developed a novel and broadly applicable workflow: PSM validation with internal standards (P-VIS). In this approach, the fragmentation spectrum and chromatographic retention time of a peptide within a biological sample are compared with those of a synthetic version of the putative peptide sequence match. Similarity measurements obtained for a panel of internal standard peptides are then used to calculate a prediction interval for valid matches. If the observed degree of similarity between the biological and the synthetic peptide falls within this prediction interval, then the match is considered valid. P-VIS enables systematic and objective assessment of the validity of individual PSMs, providing a measurable degree of confidence when identifying peptides by mass spectrometry.
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影响因子：
4.4
作者：
Jamison, Braxton L.;Neef, Tobias;Haskins, Kathryn
通讯作者：
Haskins, Kathryn
DOI：
10.1126/science.aad2791
发表时间：
2016-02-12
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Delong T;Wiles TA;Baker RL;Bradley B;Barbour G;Reisdorph R;Armstrong M;Powell RL;Reisdorph N;Kumar N;Elso CM;DeNicola M;Bottino R;Powers AC;Harlan DM;Kent SC;Mannering SI;Haskins K
通讯作者：
Haskins K
影响因子：
82.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Deutsch EW;Csordas A;Sun Z;Jarnuczak A;Perez-Riverol Y;Ternent T;Campbell DS;Bernal-Llinares M;Okuda S;Kawano S;Moritz RL;Carver JJ;Wang M;Ishihama Y;Bandeira N;Hermjakob H;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA
影响因子：
24.8
作者：
Faridi, Pouya;Li, Chen;Purcell, Anthony W.
通讯作者：
Purcell, Anthony W.