Text-mining applied to autoimmune disease research: the Sjögren's syndrome knowledge base.
Text-mining applied to autoimmune disease research: the Sjögren's syndrome knowledge base.
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DOI：
10.1186/1471-2474-13-119
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发表时间：
2012-07-03
影响因子：
2.3
通讯作者：
Michie SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gorr SU;Wennblom TJ;Horvath S;Wong DT;Michie SA
干燥综合征是一种组织特异性自身免疫性疾病，影响外分泌组织，特别是唾液腺和泪腺。尽管在过去的60年里收集了大量的证据，但我们对干燥综合征的理解仍然存在重大差距。本研究的目的是建立一个数据库，收集和组织现有文献中的基因和蛋白质表达数据，用于与未来干燥综合征的基因表达和蛋白质组学研究进行比较分析。为了对该领域的现有知识进行分类，我们使用文本挖掘来生成已发表基因/蛋白质数据的干燥综合征知识库（SSKB），这些数据是使用超过7，700个摘要的文本挖掘从PubMed中提取的，并列出了大约500个潜在的基因/蛋白质。手动评估原始数据以去除重复和假阳性并指定基因名称。该数据库被手动管理到477个条目，包括377个潜在的功能基因，其用于使用基因本体和KEGG途径分析的富集和途径分析。干燥综合征知识库（http://sskb.umn.edu）可以形成对该领域现有知识的知情搜索的基础，因为通过常规或高通量实验技术鉴定了新的潜在治疗靶点。
Sjögren’s syndrome is a tissue-specific autoimmune disease that affects exocrine tissues, especially salivary glands and lacrimal glands. Despite a large body of evidence gathered over the past 60 years, significant gaps still exist in our understanding of Sjögren’s syndrome. The goal of this study was to develop a database that collects and organizes gene and protein expression data from the existing literature for comparative analysis with future gene expression and proteomic studies of Sjögren’s syndrome. To catalog the existing knowledge in the field, we used text mining to generate the Sjögren’s Syndrome Knowledge Base (SSKB) of published gene/protein data, which were extracted from PubMed using text mining of over 7,700 abstracts and listing approximately 500 potential genes/proteins. The raw data were manually evaluated to remove duplicates and false-positives and assign gene names. The data base was manually curated to 477 entries, including 377 potential functional genes, which were used for enrichment and pathway analysis using gene ontology and KEGG pathway analysis. The Sjögren’s syndrome knowledge base ( http://sskb.umn.edu) can form the foundation for an informed search of existing knowledge in the field as new potential therapeutic targets are identified by conventional or high throughput experimental techniques.
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影响因子：
--
作者：
Hu, Shen;Zhou, Michael;Jiang, Jiang;Wang, Jianghua;Elashoff, David;Gorr, Sven;Michie, Sara A.;Spijkervet, Fred K. L.;Bootsma, Hendrika;Kallenberg, Cees G. M.;Vissink, Arjan;Horvath, Steve;Wong, David T.
通讯作者：
Wong, David T.
阐明与综合征相关的干眼症的病理生理学。
影响因子：
6.4
作者：
Nguyen, Cuong Q.;Peck, Ammon B.
通讯作者：
Peck, Ammon B.
影响因子：
13.7
作者：
Sall, K;Stevenson, OD;Reis, BL
通讯作者：
Reis, BL
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
12.8
作者：
Mavragani, Clio P.;Crow, Mary K.
通讯作者：
Crow, Mary K.