The U1, U2 and U5 snRNAs crosslink to the 5' exon during yeast pre-mRNA splicing.
The U1, U2 and U5 snRNAs crosslink to the 5' exon during yeast pre-mRNA splicing.
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DOI：
10.1093/nar/gkm1098
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发表时间：
2008-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
O'Keefe RT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McGrail JC;O'Keefe RT
前信使RNA（pre-mRNA）剪接的激活需要U1小核RNA（snRNA）的5′剪接位点识别，其被U 5和U6 snRNA取代。在这里，我们使用交联来研究snRNA与5′剪接位点附近的5′外显子的相互作用，在剪接的第一步之前。发现U1 snRNA与四个不同的5′外显子位置相互作用，使用邻近U1 snRNA螺旋1的一个特异性序列。我们提出U1的这种新的相互作用发生在U1-5′剪接位点碱基配对之前。相比之下，随着交联基团距离5 '剪接位点更远，U 5 snRNA与前体mRNA 5'外显子的相互作用逐渐向U 5环1的5 '末端转移，只有最接近5'剪接位点的相互作用持续到5 '外显子中间体和剪接的第二步。还鉴定了一种新的酵母U2 snRNA与5′外显子的相互作用，该作用是ATP依赖的，需要U2-分支点相互作用。这项研究提供了洞察的性质和时间的snRNA相互作用所需的5′剪接位点识别前mRNA剪接的第一步。
Activation of pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing requires 5′ splice site recognition by U1 small nuclear RNA (snRNA), which is replaced by U5 and U6 snRNA. Here we use crosslinking to investigate snRNA interactions with the 5′ exon adjacent to the 5′ splice site, prior to the first step of splicing. U1 snRNA was found to interact with four different 5′ exon positions using one specific sequence adjacent to U1 snRNA helix 1. This novel interaction of U1 we propose occurs before U1-5′ splice site base pairing. In contrast, U5 snRNA interactions with the 5′ exon of the pre-mRNA progressively shift towards the 5′ end of U5 loop 1 as the crosslinking group is placed further from the 5′ splice site, with only interactions closest to the 5′ splice site persisting to the 5′ exon intermediate and the second step of splicing. A novel yeast U2 snRNA interaction with the 5′ exon was also identified, which is ATP dependent and requires U2-branchpoint interaction. This study provides insight into the nature and timing of snRNA interactions required for 5′ splice site recognition prior to the first step of pre-mRNA splicing.
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