Gilda: biomedical entity text normalization with machine-learned disambiguation as a service.
Gilda: biomedical entity text normalization with machine-learned disambiguation as a service.
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Gilda：通过机器学习消歧服务实现生物医学实体文本规范化。
DOI：
10.1093/bioadv/vbac034
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Steppi, Albert
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gyori, Benjamin M.;Hoyt, Charles Tapley;Steppi, Albert
Gilda是一个软件工具和网络服务，它为生物医学本体中涵盖基因、蛋白质(及其家族和复合体)、小分子、生物过程和疾病的条目中的名称和同义词实现了一种评分字符串匹配算法。Gilda集成了机器学习的歧义消解模型，在给定相关周围文本作为上下文的情况下在歧义字符串之间进行选择，并支持在出现歧义的情况下进行物种优先排序。Gilda Web服务可从http://grounding.indra.bio获得，其源代码、文档和教程可通过https://github.com/indralab/gilda.获得补充数据可在生物信息学进展在线上获得。
Gilda is a software tool and web service that implements a scored string matching algorithm for names and synonyms across entries in biomedical ontologies covering genes, proteins (and their families and complexes), small molecules, biological processes and diseases. Gilda integrates machine-learned disambiguation models to choose between ambiguous strings given relevant surrounding text as context, and supports species-prioritization in case of ambiguity. The Gilda web service is available at http://grounding.indra.bio with source code, documentation and tutorials available via https://github.com/indralab/gilda. Supplementary data are available at Bioinformatics Advances online.
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