The eXtensible ontology development (XOD) principles and tool implementation to support ontology interoperability.
The eXtensible ontology development (XOD) principles and tool implementation to support ontology interoperability.
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DOI：
10.1186/s13326-017-0169-2
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发表时间：
2018-01-12
影响因子：
1.9
通讯作者：
Ong E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He Y;Xiang Z;Zheng J;Lin Y;Overton JA;Ong E
本体对于数据/元数据和知识的标准化、共享和分析至关重要。随着数百个生物和生物医学本体的开发，确保本体的互操作性和使用可互操作的本体进行标准化数据表示和集成变得至关重要。基于网络的Ontoanimal工具套件（例如，Ontofox、Ontorat和Ontobee）支持可扩展本体开发的不同方面。通过总结Ontoanimal和其他类似工具的共同特点，我们确定并提出了一个“可扩展本体开发”（XOD）的战略和相关的四个原则。这些XOD原则重用来自可靠本体的现有术语和语义关系，开发和应用完善的本体设计模式（ODP），并涉及社区努力支持新的本体开发，促进标准化和可互操作的数据和知识表示和集成。XOD策略的采用，以及强大的XOD工具开发，将极大地支持本体互操作性和强大的本体应用程序，以支持数据可查找、可扩展、可互操作和可重用（即，FAIR）。
Ontologies are critical to data/metadata and knowledge standardization, sharing, and analysis. With hundreds of biological and biomedical ontologies developed, it has become critical to ensure ontology interoperability and the usage of interoperable ontologies for standardized data representation and integration. The suite of web-based Ontoanimal tools (e.g., Ontofox, Ontorat, and Ontobee) support different aspects of extensible ontology development. By summarizing the common features of Ontoanimal and other similar tools, we identified and proposed an “eXtensible Ontology Development” (XOD) strategy and its associated four principles. These XOD principles reuse existing terms and semantic relations from reliable ontologies, develop and apply well-established ontology design patterns (ODPs), and involve community efforts to support new ontology development, promoting standardized and interoperable data and knowledge representation and integration. The adoption of the XOD strategy, together with robust XOD tool development, will greatly support ontology interoperability and robust ontology applications to support data to be Findable, Accessible, Interoperable and Reusable (i.e., FAIR).
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生物主教的本体设计模式：关于细胞周期本体论的案例研究。
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3
作者：
Aranguren, Mikel Egana;Antezana, Erick;Kuiper, Martin;Stevens, Robert
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Stevens, Robert
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4.2
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Brown, EG;Wood, L;Wood, S
通讯作者：
Wood, S
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5.8
作者：
Horridge, Matthew;Tudorache, Tania;Musen, Mark A.
通讯作者：
Musen, Mark A.
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--
作者：
Chung, Jo L.;Sun, Jian;Peters, Bjoern
通讯作者：
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DOI：
10.1016/j.future.2010.10.011
发表时间：
2011-06-01
影响因子：
7.5
作者：
Ding, Li;Michaelis, James;McGuinness, Deborah L.
通讯作者：
McGuinness, Deborah L.