Comparative genomic and transcriptional analyses of CRISPR systems across the genus Pyrobaculum.
Comparative genomic and transcriptional analyses of CRISPR systems across the genus Pyrobaculum.
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DOI：
10.3389/fmicb.2012.00251
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发表时间：
2012
影响因子：
5.2
通讯作者：
Lowe TM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bernick DL;Cox CL;Dennis PP;Lowe TM
根据计算基因组分析，在古细菌领域，CRISPR免疫系统似乎几乎无处不在。在细菌中的初步研究表明，CRISPR系统靶向入侵的质粒和病毒DNA。最近在模式古菌Pyrococcus furiosus中的实验发现了CRISPR系统的一种新的RNA靶向变体。由于我们对其他古细菌中CRISPR系统进化的理解有限，我们对Crenarchaeal属Pyrobaculum内六个不同物种的CRISPR阵列进行了比较基因组和转录组学研究。我们提供了来自该属四个物种（P. aerophilum，P. islandicum，P. calidifontis，P. arsenaticum）的转录数据，分析了来自20多个阵列的成熟CRISPR相关小RNA丰度。在该属内，CRISPR阵列结构具有显着的保守性，以及在其他古细菌系统中尚未研究的独特特征。这些独特的功能包括：几乎不变的CRISPR启动子，直接重复家族的保守性，CRISPR相关小RNA丰度的5′极性，以及与nurA和herA同源物的新型CRISPR特异性关联。这些分析为古细菌CRISPR系统提供了属级进化视角，拓宽了我们对现有非比较模型系统的理解。
Within the domain Archaea, the CRISPR immune system appears to be nearly ubiquitous based on computational genome analyses. Initial studies in bacteria demonstrated that the CRISPR system targets invading plasmid and viral DNA. Recent experiments in the model archaeon Pyrococcus furiosus have uncovered a novel RNA-targeting variant of the CRISPR system. Because our understanding of CRISPR system evolution in other archaea is limited, we have taken a comparative genomic and transcriptomic view of the CRISPR arrays across six diverse species within the crenarchaeal genus Pyrobaculum. We present transcriptional data from each of four species in the genus (P. aerophilum, P. islandicum, P. calidifontis, P. arsenaticum), analyzing mature CRISPR-associated small RNA abundance from over 20 arrays. Within the genus, there is remarkable conservation of CRISPR array structure, as well as unique features that are have not been studied in other archaeal systems. These unique features include: a nearly invariant CRISPR promoter, conservation of direct repeat families, the 5′ polarity of CRISPR-associated small RNA abundance, and a novel CRISPR-specific association with homologues of nurA and herA. These analyses provide a genus-level evolutionary perspective on archaeal CRISPR systems, broadening our understanding beyond existing non-comparative model systems.
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影响因子：
16
作者：
Hale, Caryn R.;Majumdar, Sonali;Elmore, Joshua;Pfister, Neil;Compton, Mark;Olson, Sara;Resch, Alissa M.;Glover, Claiborne V. C., III;Graveley, Brenton R.;Terns, Rebecca M.;Terns, Michael P.
通讯作者：
Terns, Michael P.
DOI：
10.1126/science.1165771
发表时间：
2008-12-19
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Marraffini LA;Sontheimer EJ
通讯作者：
Sontheimer EJ
影响因子：
3.9
作者：
Liao, DQ
通讯作者：
Liao, DQ
影响因子：
4.5
作者：
Hale, Caryn;Kleppe, Kyle;Terns, Michael P.
通讯作者：
Terns, Michael P.
影响因子：
14.9
作者：
Constantinesco, F;Forterre, P;Elie, C
通讯作者：
Elie, C