Protocols for Generating Surfaces and Measuring 3D Organelle Morphology Using Amira.
Protocols for Generating Surfaces and Measuring 3D Organelle Morphology Using Amira.
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DOI：
10.3390/cells11010065
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发表时间：
2021-12-27
期刊：
影响因子：
6
通讯作者：
Hinton A Jr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Garza-Lopez E;Vue Z;Katti P;Neikirk K;Biete M;Lam J;Beasley HK;Marshall AG;Rodman TA;Christensen TA;Salisbury JL;Vang L;Mungai M;AshShareef S;Murray SA;Shao J;Streeter J;Glancy B;Pereira RO;Abel ED;Hinton A Jr
细胞器的高分辨率3D图像在细胞生物学中具有极其重要的意义。虽然光学显微镜和透射电子显微镜已经为细胞结构成像提供了标准，但它们不能提供3D图像。然而，最近的技术进步，如系列块面扫描电子显微镜(SBF-SEM)和聚焦离子束扫描电子显微镜(FIB-SEM)，为细胞器的超微结构分析提供了创建3D图像的工具。在这里，我们描述了一种标准化的协议，使用可视化软件Amira，在3D中量化细胞器的形态，从而提供这些细胞亚结构的准确和可重复的测量。我们展示了SBF-SEM和AMIRA在量化线粒体和内质网(ER)结构方面的应用。
High-resolution 3D images of organelles are of paramount importance in cellular biology. Although light microscopy and transmission electron microscopy (TEM) have provided the standard for imaging cellular structures, they cannot provide 3D images. However, recent technological advances such as serial block-face scanning electron microscopy (SBF-SEM) and focused ion beam scanning electron microscopy (FIB-SEM) provide the tools to create 3D images for the ultrastructural analysis of organelles. Here, we describe a standardized protocol using the visualization software, Amira, to quantify organelle morphologies in 3D, thereby providing accurate and reproducible measurements of these cellular substructures. We demonstrate applications of SBF-SEM and Amira to quantify mitochondria and endoplasmic reticulum (ER) structures.
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影响因子：
16.6
作者：
Bleck CKE;Kim Y;Willingham TB;Glancy B
通讯作者：
Glancy B
影响因子：
4.6
作者：
Iwai M;Yokono M;Nakano A
通讯作者：
Nakano A
影响因子：
8.8
作者：
Faitg J;Lacefield C;Davey T;White K;Laws R;Kosmidis S;Reeve AK;Kandel ER;Vincent AE;Picard M
通讯作者：
Picard M
DOI：
10.3791/62045
发表时间：
2021-03-26
期刊：
Journal of visualized experiments : JoVE
影响因子：
--
作者：
Courson JA;Landry PT;Do T;Spehlmann E;Lafontant PJ;Patel N;Rumbaut RE;Burns AR
通讯作者：
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影响因子：
4.6
作者：
de Boer, Bouke A.;Soufan, Alexandre T.;Ruijter, Jan M.
通讯作者：
Ruijter, Jan M.