The 1.4-A crystal structure of the S. pombe Pop2p deadenylase subunit unveils the configuration of an active enzyme.
The 1.4-A crystal structure of the S. pombe Pop2p deadenylase subunit unveils the configuration of an active enzyme.
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DOI：
10.1093/nar/gkm178
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发表时间：
2007
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brodersen DE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jonstrup AT;Andersen KR;Van LB;Brodersen DE
在真核生物中，去腺苷是控制mRNA衰变的第一步，也可能是限速步骤，因此对基因表达的总体速度是至关重要的。在酵母中，这一过程由Mega-Dalton CCR4-Not Complex维持，其中Ccr4p和Pop2p亚基都是可能负责去烯化反应的3‘-5’外切酶。在这里，我们给出了裂殖酵母Pop2p亚基的晶体结构，分辨率为1.4 ä，并表明该酶是一种活性核糖核酸酶，对PolyA具有可调节的专一性。与酿酒酵母Pop2p不同，S.pombe酶包含一个完全保守的DEDDh活性部位，高分辨率允许详细分析其结构，包括二价金属离子结合。功能数据进一步表明，活性部位离子的一致性可以调节酶的活性和特异性，最终单核苷酸和多A寡核苷酸的结构叠加提供了对蛋白质催化循环的洞察。
Deadenylation is the first and probably also rate-limiting step of controlled mRNA decay in eukaryotes and therefore central for the overall rate of gene expression. In yeast, the process is maintained by the mega-Dalton Ccr4-Not complex, of which both the Ccr4p and Pop2p subunits are 3′–5′ exonucleases potentially responsible for the deadenylation reaction. Here, we present the crystal structure of the Pop2p subunit from Schizosaccharomyces pombe determined to 1.4 Å resolution and show that the enzyme is a competent ribonuclease with a tunable specificity towards poly-A. In contrast to S. cerevisiae Pop2p, the S. pombe enzyme contains a fully conserved DEDDh active site, and the high resolution allows for a detailed analysis of its configuration, including divalent metal ion binding. Functional data further indicates that the identity of the ions in the active site can modulate both activity and specificity of the enzyme, and finally structural superposition of single nucleotides and poly-A oligonucleotides provide insight into the catalytic cycle of the protein.
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影响因子：
5.2
作者：
Cheng, TW;Chen, YS
通讯作者：
Chen, YS
影响因子：
5.7
作者：
Hamdan, S;Carr, PD;Dixon, NE
通讯作者：
Dixon, NE
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL
影响因子：
13.8
作者：
Dlakic, M
通讯作者：
Dlakic, M
影响因子：
11.4
作者：
BEESE, LS;STEITZ, TA
通讯作者：
STEITZ, TA