The description of protein internal motions aids selection of ligand binding poses by the INPHARMA method
The description of protein internal motions aids selection of ligand binding poses by the INPHARMA method
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蛋白质内部运动的描述有助于通过 INPHARMA 方法选择配体结合姿势
DOI：
10.1007/s10858-012-9662-1
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发表时间：
2012
影响因子：
2.7
通讯作者：
T. Carlomagno
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
B. Stauch;J. Orts;T. Carlomagno
蛋白质内部运动影响NMR实验的可观测性。在亚纳秒时间尺度上发生的内部运动的影响可以用NMR序参量来描述。在这里，我们报告说，来自分子动力学（MD）模拟的twoholo结构的蛋白激酶A的顺序参数的使用增加的辨别力的INPHARMA，NMR为基础的方法，选择对接配体的方向，通过最大限度地提高相关性的反计算实验数据。通过在INPHARMA转移的反计算中包括内部运动，我们获得了更真实的系统描述，更好地代表了实验数据。此外，我们提出了一组通用的顺序参数，来自球状蛋白质的MD模拟，它可以用于反算任何蛋白质-配体复合物的INPHARMA NOE，从而绕过需要获得新的蛋白质-配体复合物的系统特定的顺序参数。
Protein internal motions influence observables of NMR experiments. The effect of internal motions occurring at the sub-nanosecond timescale can be described by NMR order parameters. Here, we report that the use of order parameters derived from Molecular Dynamics (MD) simulations of twoholo-structures of Protein Kinase A increase the discrimination power of INPHARMA, an NMR based methodology that selects docked ligand orientations by maximizing the correlation of back-calculated to experimental data. By including internal motion in the back-calculation of the INPHARMA transfer, we obtain a more realistic description of the system, which better represents the experimental data. Furthermore, we propose a set of generic order parameters, derived from MD simulations of globular proteins, which can be used in the back-calculation of INPHARMA NOEs for any protein–ligand complex, thus by-passing the need of obtaining system-specific order parameters for new protein–ligand complexes.
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