CMView: Interactive contact map visualization and analysis
CMView: Interactive contact map visualization and analysis
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr163
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发表时间：
2011-06-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Lappe, Michael
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Vehlow, Corinna;Stehr, Henning;Lappe, Michael
接触图是结构生物学中一种有价值的可视化工具。它们是一种方便的方法来展示蛋白质的二维和快速识别结构特征，如结构域架构，二级结构和接触簇。我们开发了一个名为CMView的工具，它使用PyMol将丰富的接触图分析与3D可视化集成在一起。我们的工具提供了从结构计算接触图的功能，基本编辑，接触图和3D空间的可视化以及不同内置对齐方法的结构比较。一个独特的功能是基于用户选择的子结构的结构比对的交互式细化。
Contact maps are a valuable visualization tool in structural biology. They are a convenient way to display proteins in two dimensions and to quickly identify structural features such as domain architecture, secondary structure and contact clusters. We developed a tool called CMView which integrates rich contact map analysis with 3D visualization using PyMol. Our tool provides functions for contact map calculation from structure, basic editing, visualization in contact map and 3D space and structural comparison with different built-in alignment methods. A unique feature is the interactive refinement of structural alignments based on user selected substructures.