Using SPARQL to Test for Lattices: application to quality assurance in biomedical ontologies.
Using SPARQL to Test for Lattices: application to quality assurance in biomedical ontologies.
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DOI：
10.1007/978-3-642-17749-1_18
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bodenreider, Olivier
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Guo-Qiang;Bodenreider, Olivier
我们提出了一个可扩展的、基于 SPARQL 的计算管道，用于测试表示为 RDF 三元组的偏序的晶格理论属性。这项工作的用例是生物医学本体的质量保证，其一个理想的属性是与晶格结构的一致性。我们管道的核心是称为 NuMi 的算法，用于检测给定有限偏序中任意元素对的最小上限数量。我们的技术贡献是 NuMi 完全使用 SPARQL 进行编码。为了展示其可扩展性，我们将 NuMi 应用于整个 SNOMED CT，这是最大的临床本体（超过 300,000 个概念）。我们的实验结果具有开创性：首次使用向 Virtuoso 发出的超过 25 亿个查询，从 3400 万个候选对中彻底识别出 SNOMED CT 中的所有非晶格对。在 19 个 SNOMED CT 层次结构中，非晶格对的百分比范围为 0 到 1.66。这些非网格对代表领域专家重点管理的目标领域。 RDF、SPARQL 和相关工具为在大型数据结构上实现格算法提供了一个有效的平台。
We present a scalable, SPARQL-based computational pipeline for testing the lattice-theoretic properties of partial orders represented as RDF triples. The use case for this work is quality assurance in biomedical ontologies, one desirable property of which is conformance to lattice structures. At the core of our pipeline is the algorithm called NuMi, for detecting the Number of Minimal upper bounds of any pair of elements in a given finite partial order. Our technical contribution is the coding of NuMi completely in SPARQL. To show its scalability, we applied NuMi to the entirety of SNOMED CT, the largest clinical ontology (over 300,000 conepts). Our experimental results have been groundbreaking: for the first time, all non-lattice pairs in SNOMED CT have been identified exhaustively from 34 million candidate pairs using over 2.5 billion queries issued to Virtuoso. The percentage of non-lattice pairs ranges from 0 to 1.66 among the 19 SNOMED CT hierarchies. These non-lattice pairs represent target areas for focused curation by domain experts. RDF, SPARQL and related tooling provide an e cient platform for implementing lattice algorithms on large data structures.
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影响因子：
1.1
作者：
Zhang, GQ
通讯作者：
Zhang, GQ
影响因子：
4.5
作者：
Zhu X;Fan JW;Baorto DM;Weng C;Cimino JJ
通讯作者：
Cimino JJ
影响因子：
4.5
作者：
Wang, Yue;Halper, Michael;Spackman, Kent A.
通讯作者：
Spackman, Kent A.
DOI：
10.1080/09528130210164170
发表时间：
2002-04-01
影响因子：
2.2
作者：
Kuznetsov, SO;Obiedkov, SA
通讯作者：
Obiedkov, SA
DOI：
10.1197/jamia.m2541
发表时间：
2009-01-01
影响因子：
6.4
作者：
Jiang, Guoqian;Chute, Christopher G.
通讯作者：
Chute, Christopher G.