Adding text mining workflows as web services to the BioCatalogue
Adding text mining workflows as web services to the BioCatalogue
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将文本挖掘工作流程作为 Web 服务添加到 BioCatalogue
DOI：
10.1145/2166896.2166913
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kontonasios G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kontonasios G
在本文中，我们解决了自动添加U-Compare工作流到BioCatalogue的问题，通过探索的兼容性UIMA的REST类Web服务。我们的目标是使工作流程由最先进的文本挖掘组件提供给生物信息学社区，而不需要任何编程或软件库依赖性方面的专业知识。我们提出了一个框架，开发UIMA兼容，REST类，文本挖掘服务，可以补充现有的组件或作为定制的，独立的工作流程。该框架继承了U-Compare的组件库和重构Apache UIMA SimpleServer，以提供分析结果的后处理组件、人类可读的访问机制和文档模板。作为一个应用程序，我们实现了一些新的服务，这些服务在theBioCatalogue注册。
In this paper, we address the issue of automatically addingU-Compareworkflows toBioCatalogueby exploring the compatibility ofUIMAto aREST-like web service. We aim to make workflows consisting of state-of-the-art text mining components available to the bioinformatics community without the need for any expertise in programming or software library dependencies. We present a framework for developingUIMA-compliant,REST-like, text mining services which can either supplement the existing components or be used as bespoke, stand-alone workflows. The framework embodiesU-Compare's component library and refactorsApache UIMA SimpleServerto provide a post-processing component of the analysis results, a human-readable access mechanism, and documentation templates. As an application, we implemented a number of new services, which are registered with theBioCatalogue.
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影响因子：
3
作者：
Sasaki Y;Tsuruoka Y;McNaught J;Ananiadou S
通讯作者：
Ananiadou S
DOI：
--
发表时间：
2006
期刊：
International Conference on Language Resources and Evaluation
影响因子：
--
作者：
Nancy Ide;Laurent Romary
通讯作者：
Laurent Romary
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq002
发表时间：
2010-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Wang X;Tsujii J;Ananiadou S
通讯作者：
Ananiadou S
生物医学文本挖掘系统的大规模，灵活评估的开源框架。
DOI：
10.1186/1747-5333-3-1
发表时间：
2008-01-29
期刊：
Journal of biomedical discovery and collaboration
影响因子：
--
作者：
Baumgartner WA Jr;Cohen KB;Hunter L
通讯作者：
Hunter L
影响因子：
5.6
作者：
ALTSCHUL, SF;GISH, W;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ