The SARS-CoV-2 Spike variant D614G favors an open conformational state.
The SARS-CoV-2 Spike variant D614G favors an open conformational state.
复制标题
DOI：
10.1126/sciadv.abf3671
复制
发表时间：
2021-04
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Gnanakaran S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mansbach RA;Chakraborty S;Nguyen K;Montefiori DC;Korber B;Gnanakaran S
D 614 G SARS-CoV-2 Spike中接触的对称性有利于感染能力构象的更大概率。COVID-19（2019年冠状病毒病）大流行经历了一个快速转变，出现了一种主要病毒变体（从“D型”到“G型”），其“刺突”蛋白中携带氨基酸取代D 614 G。G型在体外更具感染性，并且与上呼吸道中的病毒载量增加有关。为了深入了解这些特征的分子水平基础，我们使用微秒全原子模拟。我们发现，蛋白质能量学的变化有利于通过释放存在于D-型原异构体间相互作用中的不对称性，在G-型中具有较高的感染能力的状态。因此，G型的感染性增加可能是由于与宿主受体的有利结合遭遇率更高。由于受体结合结构域（中和抗体的关键靶区域）的暴露增强，还预测其具有更高的中和敏感性。这些结果对疫苗设计至关重要。
Symmetrization of contacts in D614G SARS-CoV-2 Spike favors greater probability of infection-capable conformation. The COVID-19 (coronavirus disease 2019) pandemic underwent a rapid transition with the emergence of a dominant viral variant (from the “D-form” to the “G-form”) that carried an amino acid substitution D614G in its “Spike” protein. The G-form is more infectious in vitro and is associated with increased viral loads in the upper airways. To gain insight into the molecular-level underpinnings of these characteristics, we used microsecond all-atom simulations. We show that changes in the protein energetics favor a higher population of infection-capable states in the G-form through release of asymmetry present in the D-form inter-protomer interactions. Thus, the increased infectivity of the G-form is likely due to a higher rate of profitable binding encounters with the host receptor. It is also predicted to be more neutralization sensitive owing to enhanced exposure of the receptor binding domain, a key target region for neutralizing antibodies. These results are critical for vaccine design.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1126/science.abe8499
发表时间：
2020-12-18
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Hou YJ;Chiba S;Halfmann P;Ehre C;Kuroda M;Dinnon KH 3rd;Leist SR;Schäfer A;Nakajima N;Takahashi K;Lee RE;Mascenik TM;Graham R;Edwards CE;Tse LV;Okuda K;Markmann AJ;Bartelt L;de Silva A;Margolis DM;Boucher RC;Randell SH;Suzuki T;Gralinski LE;Kawaoka Y;Baric RS
通讯作者：
Baric RS
影响因子：
3
作者：
Koukos, Panagiotis I.;Glykos, Nicholas M.
通讯作者：
Glykos, Nicholas M.
影响因子：
14.9
作者：
Drozdetskiy A;Cole C;Procter J;Barton GJ
通讯作者：
Barton GJ
影响因子：
4.4
作者：
JORGENSEN, WL;CHANDRASEKHAR, J;KLEIN, ML
通讯作者：
KLEIN, ML
影响因子：
4.4
作者：
ESSMANN, U;PERERA, L;PEDERSEN, LG
通讯作者：
PEDERSEN, LG