ProbeDealer is a convenient tool for designing probes for highly multiplexed fluorescence in situ hybridization.
ProbeDealer is a convenient tool for designing probes for highly multiplexed fluorescence in situ hybridization.
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探针是一种方便的工具，用于设计高度多重荧光原位杂交的探针。
DOI：
10.1038/s41598-020-76439-x
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发表时间：
2020-12-16
影响因子：
4.6
通讯作者：
Wang S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu M;Yang B;Cheng Y;Radda JSD;Chen Y;Liu M;Wang S
荧光原位杂交(FISH)是一种显示特定基因组座位和RNA物种空间位置的有效方法。最近的技术进步利用FISH以高度多样化的方式可视化这些特征。值得注意的例子包括染色质示踪、RNA多路传输错误稳健FISH(MerFish)、核组结构的多路传输成像(MINA)和顺序单分子RNA FISH。然而，广泛采用这些方法的一个障碍是多路FISH探针设计的复杂性。在这篇文章中，我们介绍了一个易于使用的、多功能的、一体化的应用程序ProbeDealer，它可以为各种多路传输的FISH技术及其组合设计探针。ProbeDealer提供一站式商店，满足研究社区的多种鱼类设计需求。
Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a powerful method to visualize the spatial positions of specific genomic loci and RNA species. Recent technological advances have leveraged FISH to visualize these features in a highly multiplexed manner. Notable examples include chromatin tracing, RNA multiplexed error-robust FISH (MERFISH), multiplexed imaging of nucleome architectures (MINA), and sequential single-molecule RNA FISH. However, one obstacle to the broad adoption of these methods is the complexity of the multiplexed FISH probe design. In this paper, we introduce an easy-to-use, versatile, and all-in-one application called ProbeDealer to design probes for a variety of multiplexed FISH techniques and their combinations. ProbeDealer offers a one-stop shop for multiplexed FISH design needs of the research community.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
下丘脑前区域的分子，空间和功能性单细胞分析。
DOI：
10.1126/science.aau5324
发表时间：
2018-11-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Moffitt JR;Bambah-Mukku D;Eichhorn SW;Vaughn E;Shekhar K;Perez JD;Rubinstein ND;Hao J;Regev A;Dulac C;Zhuang X
通讯作者：
Zhuang X
影响因子：
16
作者：
Cardozo Gizzi, Andres M.;Cattoni, Diego, I;Nollmann, Marcelo
通讯作者：
Nollmann, Marcelo
DOI：
10.1073/pnas.1612826113
发表时间：
2016-09-27
影响因子：
11.1
作者：
Moffitt, Jeffrey R.;Hao, Junjie;Zhuang, Xiaowei
通讯作者：
Zhuang, Xiaowei
影响因子：
14.9
作者：
Rouillard, JM;Zuker, M;Gulari, E
通讯作者：
Gulari, E