Analytical Harmonic Vibrational Frequencies for the Green Fluorescent Protein Computed with ONIOM: Chromophore Mode Character and Its Response to Environment.
Analytical Harmonic Vibrational Frequencies for the Green Fluorescent Protein Computed with ONIOM: Chromophore Mode Character and Its Response to Environment.
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用 ONIOM 计算的绿色荧光蛋白的分析谐波振动频率：发色团模式特征及其对环境的响应。
DOI：
10.1021/ct400664p
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发表时间：
2014
影响因子：
5.5
通讯作者：
Thompson LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thompson LM
使用ONIOM方法对不同环境对4-羟基亚苄基-2，3-二甲基咪唑啉酮（HBDI）发色团振动模式的影响进行了系统的比较，使我们能够模拟分子的光谱跃迁如何在绿色荧光蛋白（GFP）中被修改。ONIOM（QM：MM）在仅在MM级计算大部分二阶导数时减少了正常模式计算的费用。这里描述的CPHF方程的有效解决方案的新的发展，包括与环境电荷的静电相互作用的贡献，意味着100个原子的QM模型系统可以嵌入到一个更大的MM环境中的10000个原子。由此产生的振动的正常模式，其相关的频率，和偶极导数矢量已被用来解释实验差谱（GFPI 2-GFPA），发色团的振动斯塔克位移，并在蛋白质环境中的电子和振动跃迁偶极（模式角）之间的差异的变化。
A systematic comparison of different environmental effects on the vibrational modes of the 4-hydroxybenzylidene-2,3-dimethylimidazolinone (HBDI) chromophore using the ONIOM method allows us to model how the molecule’s spectroscopic transitions are modified in the Green Fluorescent Protein (GFP). ONIOM(QM:MM) reduces the expense of normal mode calculations when computing the majority of second derivatives only at the MM level. New developments described here for the efficient solution of the CPHF equations, including contributions from electrostatic interactions with environment charges, mean that QM model systems of ∼100 atoms can be embedded within a much larger MM environment of ∼5000 atoms. The resulting vibrational normal modes, their associated frequencies, and dipole derivative vectors have been used to interpret experimental difference spectra (GFPI2-GFPA), chromophore vibrational Stark shifts, and changes in the difference between electronic and vibrational transition dipoles (mode angles) in the protein environment.
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影响因子：
2.9
作者：
Webb, Lauren J.;Boxer, Steven G.
通讯作者：
Boxer, Steven G.
DOI：
10.1039/c0cp00111b
发表时间：
2010-07-28
期刊：
Physical chemistry chemical physics : PCCP
影响因子：
--
作者：
Dupradeau FY;Pigache A;Zaffran T;Savineau C;Lelong R;Grivel N;Lelong D;Rosanski W;Cieplak P
通讯作者：
Cieplak P
影响因子：
3.4
作者：
van Thor, Jasper J.;Ronayne, Kate L.;Sage, J. Timothy
通讯作者：
Sage, J. Timothy
卤代 Oxonol 染料结构-性能关系的改进共振理论框架
影响因子：
5.5
作者：
S. Olsen
通讯作者：
S. Olsen
影响因子：
3.3
作者：
Karunakaran, Venugopal;Denisov, Ilia;Sligar, Stephen G.;Champion, Paul M.
通讯作者：
Champion, Paul M.