R.E.D. Server: a web service for deriving RESP and ESP charges and building force field libraries for new molecules and molecular fragments.
R.E.D. Server: a web service for deriving RESP and ESP charges and building force field libraries for new molecules and molecular fragments.
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DOI：
10.1093/nar/gkr288
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dupradeau FY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vanquelef E;Simon S;Marquant G;Garcia E;Klimerak G;Delepine JC;Cieplak P;Dupradeau FY
重复使用服务器是一个独特的，开放的网络服务，旨在获得不可极化的RESP和ESP电荷，并建立新分子/分子片段的力场库。它为计算生物学家提供了严格推导嵌入力场库中的基于分子静电势的电荷的方法，这些力场库可以用于力场开发，电荷验证和分子动力学模拟。R.E.D.服务器接口量子力学程序，RESP程序和最新版本的R.E.D.工具.已经制定了一个分两步走的方法。第一个包括准备P2 N文件，以严格定义构建力场库时所需的关键元素，如原子名称，拓扑结构和化学等效。然后，P2 N文件被用来推导嵌入在Tripos mol 2格式的力场库中的RESP或ESP电荷。在复杂的情况下，生成一整套力场库或力场拓扑数据库。R.E.D.开发的其他功能。服务器包括帮助服务，演示，教程，常见问题，基于Jmol的工具，用于构建PDB输入文件和解析R.E.D.服务器输出以及图形排队系统，允许任何用户检查R.E.D.的状态。服务器工作。
R.E.D. Server is a unique, open web service, designed to derive non-polarizable RESP and ESP charges and to build force field libraries for new molecules/molecular fragments. It provides to computational biologists the means to derive rigorously molecular electrostatic potential-based charges embedded in force field libraries that are ready to be used in force field development, charge validation and molecular dynamics simulations. R.E.D. Server interfaces quantum mechanics programs, the RESP program and the latest version of the R.E.D. tools. A two step approach has been developed. The first one consists of preparing P2N file(s) to rigorously define key elements such as atom names, topology and chemical equivalencing needed when building a force field library. Then, P2N files are used to derive RESP or ESP charges embedded in force field libraries in the Tripos mol2 format. In complex cases an entire set of force field libraries or force field topology database is generated. Other features developed in R.E.D. Server include help services, a demonstration, tutorials, frequently asked questions, Jmol-based tools useful to construct PDB input files and parse R.E.D. Server outputs as well as a graphical queuing system allowing any user to check the status of R.E.D. Server jobs.
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影响因子：
6.1
作者：
CONNOLLY, ML
通讯作者：
CONNOLLY, ML
DOI：
10.1088/0953-8984/21/33/333102
发表时间：
2009-08-19
期刊：
Journal of physics. Condensed matter : an Institute of Physics journal
影响因子：
--
作者：
Cieplak P;Dupradeau FY;Duan Y;Wang J
通讯作者：
Wang J
影响因子：
4.4
作者：
LOWDIN, PO
通讯作者：
LOWDIN, PO
影响因子：
3
作者：
COX, SR;WILLIAMS, DE
通讯作者：
WILLIAMS, DE
影响因子：
3
作者：
CHIRLIAN, LE;FRANCL, MM
通讯作者：
FRANCL, MM