蛋白质-RNA序列结构界面偏好性及用于对接打分统计势的构建
蛋白质-RNA序列结构界面偏好性及用于对接打分统计势的构建
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DOI：
10.16476/j.pibb.2020.0004
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
李春华
中科院分区：
文献类型：
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作者：
陆林;刘洋;李春华
本文对来自PDB(Protein Data Bank)数据库的蛋白质-RNA复合物结构构建了非冗余非核糖体数据库(694个结构),并对此数据库统计了蛋白质和RNA序列及二级结构的界面偏好性.结果发现,蛋白质β 折叠、3_(10)-helix和RNA未配对核苷酸,尤其是未配对中空间排列不规整的核苷酸,具有显著的界面偏好性.据此,对二级结构进行归类,建立了考虑序列和二级结构信息的60×12氨基酸-核苷酸成对偏好势,并将其作为打分函数用于蛋白质-RNA对接中近天然结构的筛选.结果表明,该60×12统计势的打分成功率为65.77%,优于考虑蛋白质或RNA二级结构信息的统计势,及我们小组之前在251个结构上构建的60×8*统计势.该工作有助于加深对蛋白质-RNA特异性识别的理解,可推动复合物结构预测的进展.