A global resource for genomic predictions of antimicrobial resistance and surveillance of Salmonella Typhi at pathogenwatch.
A global resource for genomic predictions of antimicrobial resistance and surveillance of Salmonella Typhi at pathogenwatch.
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在病原体观察中，鼠伤寒沙门氏菌抗菌耐药性和监测的基因组预测的全球资源。
DOI：
10.1038/s41467-021-23091-2
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发表时间：
2021-05-17
影响因子：
16.6
通讯作者：
Aanensen DM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Argimón S;Yeats CA;Goater RJ;Abudahab K;Taylor B;Underwood A;Sánchez-Busó L;Wong VK;Dyson ZA;Nair S;Park SE;Marks F;Page AJ;Keane JA;Baker S;Holt KE;Dougan G;Aanensen DM
随着全基因组测序能力变得越来越分散，各国内部和国家之间合作和共享监测数据的机会越来越多，为伤寒控制政策提供信息。这一愿景需要免费的、社区驱动的工具，以促进在全球范围内获取用于公共卫生的基因组数据。在这里，我们提出了伤寒沙门氏菌的病原学观察方案，这是一个网络应用程序，能够快速识别抗菌素耐药性(AMR)的基因组标记，并与公共基因组数据相关联。我们表明，在病理观察中对伤寒沙门氏菌基因组的聚类与已建立的生物信息学方法相当，并且AMR的基因组预测与表型易感性数据高度一致。我们通过从应用程序中可用的4,300个公共基因组中选择的例子来演示病毒学观察的公共卫生效用。病原体观察为监测伤寒沙门氏菌高风险克隆的出现和传播提供了一个直观的切入点。全基因组测序数据越来越多地成为常规可用数据，但产生可操作的见解是具有挑战性的。在这里，作者描述了用于伤寒沙门氏菌基因组监测的网络工具Pathgenwatch，并演示了它在抗菌素耐药性分配和菌株风险评估中的用途。
As whole-genome sequencing capacity becomes increasingly decentralized, there is a growing opportunity for collaboration and the sharing of surveillance data within and between countries to inform typhoid control policies. This vision requires free, community-driven tools that facilitate access to genomic data for public health on a global scale. Here we present the Pathogenwatch scheme for Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi), a web application enabling the rapid identification of genomic markers of antimicrobial resistance (AMR) and contextualization with public genomic data. We show that the clustering of S. Typhi genomes in Pathogenwatch is comparable to established bioinformatics methods, and that genomic predictions of AMR are highly concordant with phenotypic susceptibility data. We demonstrate the public health utility of Pathogenwatch with examples selected from >4,300 public genomes available in the application. Pathogenwatch provides an intuitive entry point to monitor of the emergence and spread of S. Typhi high risk clones. Whole genome sequencing data are increasingly becoming routinely available but generating actionable insights is challenging. Here, the authors describe Pathogenwatch, a web tool for genomic surveillance of S. Typhi, and demonstrate its use for antimicrobial resistance assignment and strain risk assessment.
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影响因子：
5.2
作者：
Britto, Carl D.;Dyson, Zoe A.;Pollard, Andrew J.
通讯作者：
Pollard, Andrew J.
影响因子：
3.8
作者：
Britto, Carl D.;Dyson, Zoe A.;Pollard, Andrew J.
通讯作者：
Pollard, Andrew J.
DOI：
10.1093/jac/dkaa345
发表时间：
2020-12-01
期刊：
The Journal of antimicrobial chemotherapy
影响因子：
--
作者：
Bortolaia V;Kaas RS;Ruppe E;Roberts MC;Schwarz S;Cattoir V;Philippon A;Allesoe RL;Rebelo AR;Florensa AF;Fagelhauer L;Chakraborty T;Neumann B;Werner G;Bender JK;Stingl K;Nguyen M;Coppens J;Xavier BB;Malhotra-Kumar S;Westh H;Pinholt M;Anjum MF;Duggett NA;Kempf I;Nykäsenoja S;Olkkola S;Wieczorek K;Amaro A;Clemente L;Mossong J;Losch S;Ragimbeau C;Lund O;Aarestrup FM
通讯作者：
Aarestrup FM
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
28.3
作者：
Colijn C;Corander J;Croucher NJ
通讯作者：
Croucher NJ