Enabling multiplexed testing of pooled donor cells through whole-genome sequencing.
Enabling multiplexed testing of pooled donor cells through whole-genome sequencing.
复制标题
DOI：
10.1186/s13073-018-0541-6
复制
发表时间：
2018-04-19
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Church GM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chan Y;Chan YK;Goodman DB;Guo X;Chavez A;Lim ET;Church GM
我们描述了一种能够对许多不同供体细胞系的集合进行多重筛选的方法。我们的方法能够从该集合中准确预测每个供体的比例，而无需使用独特的DNA条形码作为供体身份的标记。相反，我们利用常见的单核苷酸多态性、全基因组测序以及一种算法从测序数据中计算比例。通过使用模拟数据和真实数据进行测试，我们表明我们的方法能够稳健地从众多供体的混合集合中预测个体比例，从而能够对大量不同的供体细胞进行多重测试。
更多信息可在https://pgpresearch.med.harvard.edu/poolseq/获取。
本文的在线版本（10.1186/s13073 - 018 - 0541 - 6）包含补充材料，授权用户可获取。
We describe a method that enables the multiplex screening of a pool of many different donor cell lines. Our method accurately predicts each donor proportion from the pool without requiring the use of unique DNA barcodes as markers of donor identity. Instead, we take advantage of common single nucleotide polymorphisms, whole-genome sequencing, and an algorithm to calculate the proportions from the sequencing data. By testing using simulated and real data, we showed that our method robustly predicts the individual proportions from a mixed-pool of numerous donors, thus enabling the multiplexed testing of diverse donor cells en masse. More information is available at https://pgpresearch.med.harvard.edu/poolseq/ The online version of this article (10.1186/s13073-018-0541-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1016/j.mcn.2013.07.007
发表时间：
2013-09
期刊：
Molecular and cellular neurosciences
影响因子：
--
作者：
Burkhardt MF;Martinez FJ;Wright S;Ramos C;Volfson D;Mason M;Garnes J;Dang V;Lievers J;Shoukat-Mumtaz U;Martinez R;Gai H;Blake R;Vaisberg E;Grskovic M;Johnson C;Irion S;Bright J;Cooper B;Nguyen L;Griswold-Prenner I;Javaherian A
通讯作者：
Javaherian A
1型糖尿病患者的干细胞衍生的β细胞产生。
影响因子：
16.6
作者：
Millman JR;Xie C;Van Dervort A;Gürtler M;Pagliuca FW;Melton DA
通讯作者：
Melton DA
来自1,092个人基因组的遗传变异的综合图。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
9.8
作者：
Chan, Yingleong;Salem, Rany M.;Hirschhorn, Joel N.
通讯作者：
Hirschhorn, Joel N.
影响因子：
12.3
作者：
Middelkamp, Sjors;van Heesch, Sebastiaan;Cuppen, Edwin
通讯作者：
Cuppen, Edwin