PyGBe: Python, GPUs and Boundary elements for biomolecular electrostatics
PyGBe: Python, GPUs and Boundary elements for biomolecular electrostatics
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PyGBe：用于生物分子静电学的 Python、GPU 和边界元
DOI：
10.21105/joss.00043
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
L. Barba
中科院分区：
文献类型：
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作者：
C. D. Cooper;N. Clementi;G. Forsyth;L. Barba
PyGBe是一个Python代码，用于在连续介质模型中应用边界元法进行分子静电计算。它计算与任何数量的介电区域建模的蛋白质的溶剂化能，这与蛋白质结合亲和力，蛋白质-表面相互作用，酸解离常数等应用的计算有关。数学公式遵循Yoon和Lenhoff（1990），用于以积分形式求解隐式溶剂模型的Poisson-Boltzmann方程。
PyGBe—pronounced pigbē—is a Python code to apply the boundary element method for molecular-electrostatics calculations in a continuum model. It computes solvation energies for proteins modeled with any number of dielectric regions, which is relevant in calculations of protein binding affinity, protein-surface interaction, acid-dissociation contants, among other applications. The mathematical formulation follows Yoon and Lenhoff (1990) for solving the Poisson-Boltzmann equation of the implicit-solvent model in integral form.