Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform.
Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform.
复制标题
DOI：
10.1186/1758-2946-4-17
复制
发表时间：
2012-08-13
影响因子：
8.6
通讯作者：
Hutchison GR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hanwell MD;Curtis DE;Lonie DC;Vandermeersch T;Zurek E;Hutchison GR
Avogadro项目开发了一种先进的分子编辑器和可视化工具，专为计算化学、分子建模、生物信息学、材料科学和相关领域的跨平台使用而设计。它提供灵活、高质量的渲染和强大的插件架构。典型的用途包括构建分子结构、格式化输入文件和分析各种计算化学软件包的输出。通过使用CML文件格式作为其原生文档类型，Avogadro寻求增强化学数据类型的语义可访问性。这里介绍的工作详细介绍了Avogadro库，这是一个框架，提供了具有三维可视化能力的代码库和应用程序编程接口(API)；并直接应用于化学、物理、材料科学和生物领域的研究和教育。Avogadro应用程序使用通过库本身动态加载的插件提供丰富的图形界面。应用程序和库都可以通过用C++或Python语言实现插件模块来扩展，以探索不同的可视化技术，构建/操作分子结构，并与其他程序交互。我们描述了一些示例扩展，其中一个使用遗传算法来寻找稳定的晶体结构，以及一个与PackMol程序接口以创建填充的、溶剂化结构的分子动力学模拟。Avogadro的1.0版本系列是这里讨论的结果的主要焦点。Avogadro为可视化和分析提供了语义化学构建器和平台。对于用户来说，它提供了一个易于使用的构建器，集成了对从常见数据库(如PubChem和蛋白质数据库)下载的支持，可以从各种格式提取化学数据，包括计算化学输出，以及对CML文件格式的本地语义支持。对于开发人员来说，它可以通过强大的插件机制轻松扩展，以支持有机化学、无机络合物、药物设计、材料、生物分子和模拟方面的新功能。Avogadro是在http://avogadro.openmolecules.net.的开源许可下免费提供的
The Avogadro project has developed an advanced molecule editor and visualizer designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It offers flexible, high quality rendering, and a powerful plugin architecture. Typical uses include building molecular structures, formatting input files, and analyzing output of a wide variety of computational chemistry packages. By using the CML file format as its native document type, Avogadro seeks to enhance the semantic accessibility of chemical data types. The work presented here details the Avogadro library, which is a framework providing a code library and application programming interface (API) with three-dimensional visualization capabilities; and has direct applications to research and education in the fields of chemistry, physics, materials science, and biology. The Avogadro application provides a rich graphical interface using dynamically loaded plugins through the library itself. The application and library can each be extended by implementing a plugin module in C++ or Python to explore different visualization techniques, build/manipulate molecular structures, and interact with other programs. We describe some example extensions, one which uses a genetic algorithm to find stable crystal structures, and one which interfaces with the PackMol program to create packed, solvated structures for molecular dynamics simulations. The 1.0 release series of Avogadro is the main focus of the results discussed here. Avogadro offers a semantic chemical builder and platform for visualization and analysis. For users, it offers an easy-to-use builder, integrated support for downloading from common databases such as PubChem and the Protein Data Bank, extracting chemical data from a wide variety of formats, including computational chemistry output, and native, semantic support for the CML file format. For developers, it can be easily extended via a powerful plugin mechanism to support new features in organic chemistry, inorganic complexes, drug design, materials, biomolecules, and simulations. Avogadro is freely available under an open-source license from http://avogadro.openmolecules.net.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.7
作者：
Burkhardt, Stephen E.;Rodriguez-Calero, Gabriel G.;Abruna, Hector D.
通讯作者：
Abruna, Hector D.
影响因子：
--
作者：
Burkhardt, Stephen E.;Conte, Sean;Abruna, Hector D.
通讯作者：
Abruna, Hector D.
影响因子：
2.9
作者：
Bernstein, Noam;Kulp, John L., III;Clark, Thomas D.
通讯作者：
Clark, Thomas D.
影响因子：
5.6
作者：
Guha R;Howard MT;Hutchison GR;Murray-Rust P;Rzepa H;Steinbeck C;Wegner J;Willighagen EL
通讯作者：
Willighagen EL
影响因子：
2.9
作者：
Bode, BM;Gordon, MS
通讯作者：
Gordon, MS