Genome-wide functional analysis reveals factors needed at the transition steps of induced reprogramming.
Genome-wide functional analysis reveals factors needed at the transition steps of induced reprogramming.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2014.07.002
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发表时间：
2014-07-24
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Rana TM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang CS;Chang KY;Rana TM
虽然转录组分析可以揭示诱导重编程过程中发生的分子变化，但在逐步细胞命运转变过程中对给定因子的功能要求尚不清楚。在这里，我们使用全基因组RNAi筛选并进行整合转录组分析，以确定重编程过渡步骤所需的关键基因和细胞事件。与细胞信号传导途径相关的基因（例如，Itpr1、Itpr2、Pdia3）构成细胞获得多能性之前的主要调控网络。特定基因组的激活（例如，Utf1，Tdgf1）对于成熟iPSC的形成是重要的。引人注目的是，大部分RNAi靶点（约53%至70%）包括在重编程过程中表达水平不变的基因。在这些非差异表达基因中，Dmbx 1、Hnf 4g、Nobox和Asb 4是重要的，而Nfe 2、Cdkn2aip、Msx 3、Dbx 1、Lzts 1、Gtf 2i和Ankrd22是重编程的障碍。总之，我们的研究结果提供了丰富的信息，在重编程过程中的过渡步骤所需的基因功能。
While transcriptome analysis can uncover the molecular changes that occur during induced reprogramming, the functional requirements for a given factor during step-wise cell-fate transitions are left unclear. Here, we useda genome-wide RNAi screen and performed integrated transcriptome analysis to identify key genes and cellular events required at the transition steps in reprogramming. Genes associated with cell signaling pathways (e.g., Itpr1, Itpr2, Pdia3) constitute the major regulatory networks before cells acquire pluripotency. Activation of a specific gene set (e.g., Utf1, Tdgf1) is important for mature iPSC formation. Strikingly, a major proportion of RNAi targets (~53% to 70%) includes genes whose expression levels are unchanged during reprogramming. Among these nondifferentially expressedgenes, Dmbx1, Hnf4g, Nobox and Asb4, are important, while Nfe2, Cdkn2aip, Msx3, Dbx1, Lzts1, Gtf2i, and Ankrd22 are roadblocks, to reprogramming. Together, our results provide a wealth of information about gene functions required at transition steps during reprogramming.
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作者：
通讯作者：
--
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通讯作者：
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DOI：
10.1016/j.cub.2009.08.025
发表时间：
2009-11-03
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