Direct NP- A cost-effective extraction-free RT-qPCR based test for SARS-CoV-2.
Direct NP- A cost-effective extraction-free RT-qPCR based test for SARS-CoV-2.
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DOI：
10.1016/j.heliyon.2022.e09735
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发表时间：
2022-06
期刊：
影响因子：
4
通讯作者：
Gangaraju, Vamsi K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Parikh, Rasesh Y.;Nadig, Satish N.;Mehrotra, Shikhar;Howe, Philip H.;Gangaraju, Vamsi K.
目前，美国每天正在进行超过 240 万次 SARS-CoV-2 检测。最常见的 SARS-CoV-2 测试需要 RNA 提取和纯化。 RNA 的提取是一个耗时且成本高昂的步骤，需要持续供应试剂和配件。就目前的检测需求而言，供应链仍然是RNA提取的瓶颈。在此，我们报告了 Direct NP——一种经济有效的免提取 RT-qPCR，用于检测鼻咽 (NP) 拭子样本中的 SARS-CoV-2。 Direct NP 使用双重 RT-qPCR 检测从热变性患者样本中检测 SARS-CoV-2 病毒 RNA。直接 NP 与 CDC 检测的阳性一致性百分比 (PPA)（95% 置信区间 (CI) = 79.61%–98.43%）和阴性百分比一致性 (NPA) 为 97%（95% CI = 89.11–100%）。 Direct NP 将每次测试的成本降低至 2 美元，使其适合大规模测试，同时降低医疗保健系统的成本负担。新冠肺炎; SARS-CoV-2;双工；逆转录定量PCR；大规模；测试。
Over 2.4 million daily total tests are currently being performed for SARS-CoV-2, in the United States. The most common SARS-CoV-2 tests require RNA extraction and purification. Extraction of RNA is a time-consuming and costly step that requires a constant supply of reagents and accessories. With the current testing demand, the supply chain remains the bottleneck for RNA extraction. Here, we report Direct NP- a cost-effective extraction-free RT-qPCR based dualplex test for SARS-CoV-2 from Nasopharyngeal (NP) swab specimens. Direct NP detects SARS-CoV-2 viral RNA from heat-denatured patient specimens using a dualplex RT-qPCR assay. Direct NP showed 92.5% positive percentage agreement (PPA) (95% Confidence Interval (CI) = 79.61%–98.43%) and 97% negative percent agreement (NPA) (95% CI = 89.11–100%) with the CDC assay. Direct NP reduces the cost per test to $2, making it suitable for broad-scale testing while lowering the cost burden on the healthcare system. COVID-19; SARS-CoV-2; Dualplex; RT-qPCR; Broad-scale; Test.
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影响因子：
16.6
作者：
Smyrlaki I;Ekman M;Lentini A;Rufino de Sousa N;Papanicolaou N;Vondracek M;Aarum J;Safari H;Muradrasoli S;Rothfuchs AG;Albert J;Högberg B;Reinius B
通讯作者：
Reinius B
DOI：
10.1038/s41579-020-00461-z
发表时间：
2021-03
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
Vandenberg O;Martiny D;Rochas O;van Belkum A;Kozlakidis Z
通讯作者：
Kozlakidis Z
DOI：
10.1016/j.medj.2020.12.010
发表时间：
2021-03-12
期刊：
Med (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Vogels CBF;Watkins AE;Harden CA;Brackney DE;Shafer J;Wang J;Caraballo C;Kalinich CC;Ott IM;Fauver JR;Kudo E;Lu P;Venkataraman A;Tokuyama M;Moore AJ;Muenker MC;Casanovas-Massana A;Fournier J;Bermejo S;Campbell M;Datta R;Nelson A;Yale IMPACT Research Team;Dela Cruz CS;Ko AI;Iwasaki A;Krumholz HM;Matheus JD;Hui P;Liu C;Farhadian SF;Sikka R;Wyllie AL;Grubaugh ND
通讯作者：
Grubaugh ND
影响因子：
3.7
作者：
Genoud V;Stortz M;Waisman A;Berardino BG;Verneri P;Dansey V;Salvatori M;Remes Lenicov F;Levi V
通讯作者：
Levi V
影响因子：
8.8
作者：
Chu, Allen Wing-Ho;Chan, Wan-Mui;Kai-Wang To, Kelvin
通讯作者：
Kai-Wang To, Kelvin