基于网络药理学与分子对接技术探讨滋膵饮治疗糖尿病肾病的作用机制
基于网络药理学与分子对接技术探讨滋膵饮治疗糖尿病肾病的作用机制
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DOI：
10.19540/j.cnki.cjcmm.20211129.401
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
王保和
中科院分区：
文献类型：
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作者：
高利东;刘佳;黄宇虹;王保和
利用网络药理学和分子对接的方法探讨经典名方滋膵饮治疗糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)的潜在作用机制。通过检索DrugBank、Therapeutic Target Database (TTD)、Online Mendelian Inheritance in Man Database (OMIM)、Gene- Cards、DisGeNET、Comparative Toxicogenomics Database (CTD)、PharmGKB等数据库收集DKD相关靶点,利用SwissTargetPrediction数据库预测滋膵饮12个入血活性成分的作用靶点,将二者进行映射获得潜在靶点;运用Cytoscape 3.8.2软件构建"滋膵饮入血活性成分-潜在靶点-糖尿病肾病"网络;使用STRING数据库构建靶蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;利用DAVID V6.8平台对关键靶点进行GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析,研究其作用机制。利用PyMOL和AutoDock Vina等软件对滋膵饮关键入血活性成分和核心靶蛋白进行分子对接。结果显示,滋膵饮的12个入血活性成分共预测并筛选出173个药物靶点,检索到DKD相关的基因靶点6 756个,将二者进行映射,筛选出124个潜在靶点,其中滋膵饮治疗DKD的关键靶点26个,核心靶点3个。GO功能富集分析得到34个条目(P≤0.01,且benjamini≤0.01),滋膵饮治疗DKD与ERK级联反应,细胞凋亡、增殖、迁移的调控,成纤维细胞增殖的调控等生物学过程和配体受体结合过程有关。KEGG通路分析共得到19条通路(P≤0.01,且benjamini≤0.01),与DKD关系密切的有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Ras信号通路、VEGF信号通路。分子对接结果显示,3个关键入血活性成分和核心靶蛋白均有较好结合力。基于上述研究,预测滋膵饮可能通过抑制炎症、调控自噬、抗纤维化等发挥治疗DKD的作用。