Shotgun Proteomics Sample Processing Automated by an Open-Source Lab Robot.
Shotgun Proteomics Sample Processing Automated by an Open-Source Lab Robot.
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DOI：
10.3791/63092
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发表时间：
2021-10-28
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lam MPY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Han Y;Thomas CT;Wennersten SA;Lau E;Lam MPY
基于质谱的鸟枪法蛋白质组学实验需要多个样品制备步骤，包括酶促蛋白质消化和清理，这可能会占用大量工时，并造成批次间差异。使用移液机器人的实验室自动化可以减少手动工作，最大限度地提高吞吐量，并提高研究的重现性。尽管如此，标准自动化站高昂的起始价格使许多学术实验室负担不起。本文描述了一种使用经济实惠的开源自动化系统（Opentrons OT-2）的蛋白质组学样品制备工作流程，包括设置半自动化蛋白质还原，烷基化，消化和清理步骤的说明;以及附带的开源Python脚本，通过其应用程序编程接口对OT-2系统进行编程。
Mass spectrometry-based shotgun proteomics experiments require multiple sample preparation steps, including enzymatic protein digestion and clean-up, which can take up significant person-hours of bench labor and present a source of batch-to-batch variability. Lab automation with pipetting robots can reduce manual work, maximize throughput, and increase research reproducibility. Still, the steep starting prices of standard automation stations make them unaffordable for many academic laboratories. This article describes a proteomics sample preparation workflow using an affordable, open-source automation system (The Opentrons OT-2), including instructions for setting up semi-automated protein reduction, alkylation, digestion, and clean-up steps; as well as accompanying open-source Python scripts to program the OT-2 system through its application programming interface.
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影响因子：
7.4
作者：
Lowenthal, Mark S.;Liang, Yuxue;Stein, Stephen E.
通讯作者：
Stein, Stephen E.
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4.3
作者：
Poulsen, Karsten M.;Pho, Thomas;Payne, Christine K.
通讯作者：
Payne, Christine K.
影响因子：
--
作者：
Han Y;Wright JM;Lau E;Lam MPY
通讯作者：
Lam MPY
DOI：
10.1073/pnas.1708279115
发表时间：
2018-03-13
影响因子：
11.1
作者：
Brown, Andrew W.;Kaiser, Kathryn A.;Allison, David B.
通讯作者：
Allison, David B.
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7.3
作者：
Coscia, Fabian;Doll, Sophia;Mann, Matthias
通讯作者：
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