BGT: efficient and flexible genotype query across many samples
BGT: efficient and flexible genotype query across many samples
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv613
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发表时间：
2016-02-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Li, Heng
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Li, Heng
BGT是一个紧凑的格式，一个快速的命令行工具和一个简单的Web应用程序，用于高效和方便地查询全基因组基因型和频率在成千上万的样品。在真实的数据上，它将32488个样本的3920万个SNP的单倍型编码到7.4 GB的数据库中，并在每CPU秒内解码高达4.2亿个基因型。高性能支持对复杂查询的实时响应。
BGT is a compact format, a fast command line tool and a simple web application for efficient and convenient query of whole-genome genotypes and frequencies across tens to hundreds of thousands of samples. On real data, it encodes the haplotypes of 32 488 samples across 39.2 million SNPs into a 7.4 GB database and decodes up to 420 million genotypes per CPU second. The high performance enables real-time responses to complex queries.