Rationally seeded computational protein design
Rationally seeded computational protein design
复制标题
合理播种的计算蛋白质设计
DOI：
10.1101/2023.08.25.554789
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Albanese K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Albanese K
计算蛋白质设计正在迅速发展。在这里，我们描述了两个家庭的α-螺旋桶蛋白与中央通道，结合小分子的有效途径。这些设计是由定义的新寡聚桶形成肽的序列和结构播种的。使用计算回路构建来连接相邻的螺旋。对于具有反平行螺旋的靶标，短环就足够了。然而，具有平行螺旋的目标需要更长的连接器;即，螺旋-转角-螺旋-转角-螺旋基序的外层，其通过计算被包装到桶上。在整个这些管道中，保留了定义桶打开状态的残留物。这最大限度地减少了序列采样并加快了成功设计的路线。对于6个靶标中的每一个，仅制备2 - 6个合成基因用于在E中表达。杆菌平均而言，80%的表达会产生经过充分表征的可溶性单体蛋白，包括大多数靶点的高分辨率结构，这些结构与种子结构相匹配，并以高准确度设计模型。
Computational protein design is advancing rapidly. Here we describe efficient routes to two families of α-helical-barrel proteins with central channels that bind small molecules. The designs are seeded by the sequences and structures of definedde novooligomeric barrel-forming peptides. Adjacent helices are connected using computational loop building. For targets with antiparallel helices, short loops are sufficient. However, targets with parallel helices require longer connectors; namely, an outer layer of helix-turn-helix-turn-helix motifs that are packed onto the barrels computationally. Throughout these pipelines, residues that define open states of the barrels are maintained. This minimises sequence sampling and accelerates routes to successful designs. For each of 6 targets, just 2 – 6 synthetic genes are made for expression inE. coli. On average, 80% express to give soluble monomeric proteins that are characterized fully, including high-resolution structures for most targets that match the seed structures and design models with high accuracy.
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影响因子：
5.6
作者：
Grigoryan G;Degrado WF
通讯作者：
Degrado WF
影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
De Novo 设计的 α-螺旋桶作为小分子的受体。
影响因子：
4.7
作者：
F. Thomas;W. Dawson;Eric J. M. Lang;A. Burton;G. J. Bartlett;G. G. Rhys;A. Mulholland;D. Woolfson
通讯作者：
D. Woolfson
影响因子：
8
作者：
GERNERT, KM;SURLES, MC;RICHARDSON, DC
通讯作者：
RICHARDSON, DC
DOI：
10.1101/503698
发表时间：
2018-12
期刊：
bioRxiv
影响因子：
--
作者：
G. G. Rhys-G.;Christopher W Wood;J. L. Beesley;N. Zaccai;A. Burton;R. L. Brady;Andrew R. Thomson;D. N. Woolfson
通讯作者：
G. G. Rhys-G.;Christopher W Wood;J. L. Beesley;N. Zaccai;A. Burton;R. L. Brady;Andrew R. Thomson;D. N. Woolfson