Structural basis for transcription inhibition by E. coli SspA.
Structural basis for transcription inhibition by E. coli SspA.
复制标题
大肠杆菌 SspA 转录抑制的结构基础。
DOI：
10.1093/nar/gkaa672
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发表时间：
2020-09-25
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lin W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang F;Shi J;He D;Tong B;Zhang C;Wen A;Zhang Y;Feng Y;Lin W
严格饥饿蛋白A(SSPA)是一种RNA聚合酶(RNAP)相关蛋白，参与细菌的核苷酸代谢、耐酸性和毒力。尽管进行了广泛的生化和遗传分析，但SSPA在转录中的确切调控作用仍不清楚，部分原因是缺乏细菌RNAP与SSPA复合体的结构信息。在这里，我们报道了一个带有SSPA的大肠杆菌RNAP-启动子开放复合体(RPO)的3.68？低温EM结构。出人意料的是，结构显示SSPA以同源二聚体的形式与大肠杆菌σ70-RNAP全酶结合，同时与σ70区域4和EcoRNAPβ‘亚单位的锌结合结构域相互作用。荧光偏振分析结果表明，SSPA与σ70在区域4之间的特定相互作用赋予了其σ选择性，从而避免了其与σS或其他替代σ受体因子的相互作用。此外，体外转录实验结果证实，SSPA可能通过抑制启动子逃逸而抑制转录。综上所述，这些结果为理解SSPA在细菌转录调控中的独特生理功能提供了基础。
Stringent starvation protein A (SspA) is an RNA polymerase (RNAP)-associated protein involved in nucleotide metabolism, acid tolerance and virulence of bacteria. Despite extensive biochemical and genetic analyses, the precise regulatory role of SspA in transcription is still unknown, in part, because of a lack of structural information for bacterial RNAP in complex with SspA. Here, we report a 3.68 Å cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) with SspA. Unexpectedly, the structure reveals that SspA binds to the E. coli σ70-RNAP holoenzyme as a homodimer, interacting with σ70 region 4 and the zinc binding domain of EcoRNAP β′ subunit simultaneously. Results from fluorescent polarization assays indicate the specific interactions between SspA and σ70 region 4 confer its σ selectivity, thereby avoiding its interactions with σs or other alternative σ factors. In addition, results from in vitro transcription assays verify that SspA inhibits transcription probably through suppressing promoter escape. Together, the results here provide a foundation for understanding the unique physiological function of SspA in transcription regulation in bacteria.
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影响因子：
3.7
作者：
Cuthbert BJ;Brennan RG;Schumacher MA
通讯作者：
Schumacher MA
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
2.8
作者：
Grall, Nathalie;Livny, Jonathan;Meibom, Karin L.
通讯作者：
Meibom, Karin L.
DOI：
10.1107/s0907444909052925
发表时间：
2010-02
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Adams PD;Afonine PV;Bunkóczi G;Chen VB;Davis IW;Echols N;Headd JJ;Hung LW;Kapral GJ;Grosse-Kunstleve RW;McCoy AJ;Moriarty NW;Oeffner R;Read RJ;Richardson DC;Richardson JS;Terwilliger TC;Zwart PH
通讯作者：
Zwart PH
DOI：
10.1126/science.aaf4417
发表时间：
2016-06-10
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Feng Y;Zhang Y;Ebright RH
通讯作者：
Ebright RH